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- PDB-3zri: N-domain of ClpV from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zri
タイトルN-domain of ClpV from Vibrio cholerae
要素CLPB PROTEIN
キーワードCHAPERONE / HSP100 PROTEINS / AAA+ PROTEINS / T6SS / SECRETION / VIRULENCE
機能・相同性Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lenherr, E.D. / Kopp, J. / Sinning, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for the Unique Role of the Aaa+ Chaperone Clpv in Type Vi Protein Secretion.
著者: Pietrosiuk, A. / Lenherr, E.D. / Falk, S. / Bonemann, G. / Kopp, J. / Zentgraf, H. / Sinning, I. / Mogk, A.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLPB PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4361
ポリマ－19,4361
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CLPB PROTEIN

A: CLPB PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8722
ポリマ－38,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-17.2 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.898, 72.990, 73.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 CLPB PROTEIN / CLPV


分子量: 19435.873 Da / 分子数: 1 / 断片: N-DOMAIN, RESIDUES 2-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株: V52 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: A1EKV2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 詳細: 0.2M NAACETATE PH 7.0, 20% (W/V) PEG 3350, 18C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36 Å / Num. obs: 18149 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→35.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.61 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DUE TO LESS THAN 100% INCORPORATION OF SEMET, ONLY A FRACTION WAS MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 908 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 17241 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1325 0 0 87 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0211400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8791.9741913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4145181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.91324.55968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80715256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.336159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3791.5856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24921390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4033544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3144.5515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 66 -
Rwork0.272 1244 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4892-2.80731.6297.1572-7.47636.2098-0.0680.04160.08470.0786-0.1313-0.3391-0.10760.31110.19930.06980.003-0.02640.115-0.02070.098411.134-42.789-3.2709
20.61770.88541.27142.2924-1.0263-0.56860.13330.157-0.01-0.2201-0.1019-0.314-0.04710.0493-0.03140.15530.07710.20920.08970.10210.17195.3876-19.2813-19.3241
31.4060.55980.85310.27760.12931.81430.0953-0.0370.1796-0.1374-0.08830.0146-0.2748-0.0737-0.0070.12420.0452-0.00390.05030.02950.129-6.2987-11.837-13.9582
44.47420.10090.64874.24550.91370.93450.032-0.12930.3063-0.09690.1308-0.0471-0.0670.0228-0.16270.0306-0.03430.00950.0727-0.00210.12669.7533-11.7025-5.5114
50.6855-0.7596-0.07641.39350.00830.80840.0660.0091-0.0021-0.1205-0.0607-0.04530.0062-0.0611-0.00530.05810.01230.00430.07270.00550.0935-4.6024-27.2909-13.0668
61.2020.15670.8910.4095-0.0241.98890.08870.0544-0.0068-0.0609-0.07490.12890.0215-0.2033-0.01380.0450.0491-0.03040.10030.00340.0979-14.5326-22.9659-16.9367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2A6 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3A30 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4A76 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5A90 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6A131 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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