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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zrf | ||||||
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タイトル | pVHL54-213-EloB-EloC complex_apo | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TUMOUR SUPRESSOR PROTEIN / CHRONIC ANEAMIA TREATMENT / E3 UBIQUITIN LIGASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Van Molle, I. / Buckley, D.L. / Crews, C.M. / Ciulli, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Targeting the Von Hippel-Lindau E3 Ubiquitin Ligase Using Small Molecules to Disrupt the Vhl/Hif-1Alpha Interaction 著者: Buckley, D.L. / Van Molle, I. / Gareiss, P.C. / Tae, H.S. / Michel, J. / Noblin, D.J. / Jorgensen, W.L. / Ciulli, A. / Crews, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 522.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 579.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13147.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / Fragment: 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 18840.438 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | PVHL ISOFORM 3, STARTING FROM RESIDUE 54 RESIDUES 51-53 CONSEQUENCE OF EXPRESSION TAG. STARTING AT ...PVHL ISOFORM 3, STARTING FROM RESIDUE 54 RESIDUES 51-53 CONSEQUENC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M NA CACODYLATE PH 5.8, 0.2 M MG ACETATE, 15% PEG8000, 5MM DTT. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月27日 |
放射 | モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 74099 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.96 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / % possible all: 92.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1VCB 解像度: 2.8→46.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 19.529 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.289 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.54 Å
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拘束条件 |
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