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万見
- PDB-3zpq: Thermostabilised turkey beta1 adrenergic receptor with 4-(piperaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpq
タイトルThermostabilised turkey beta1 adrenergic receptor with 4-(piperazin-1- yl)-1H-indole bound (compound 19)
要素BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / FRAGMENT SCREENING / ARYL PIPERAZINE / STRUCTURE BASED DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart contraction / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / early endosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(PIPERAZIN-1-YL)-1H-INDOLE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Beta-1 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Christopher, J.A. / Congreve, M. / Dore, A.S. / Marshall, F.H. / Myszka, D.G. / Brown, J. / Koglin, M. / Tehan, B. / Errey, J.C. / Tate, C.G. / Warne, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Biophysical Fragment Screening of the Beta1-Adrenergic Receptor: Identification of High Affinity Aryl Piperazine Leads Using Structure-Based Drug Design.
著者: Christopher, J. / Brown, J. / Dore, A. / Errey, J. / Koglin, M. / Marshall, F.H. / Myszka, D. / Rich, R.L. / Tate, C.G. / Tehan, B. / Warne, T. / Congreve, M.
履歴
登録2013年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
B: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,71520
ポリマ－71,8822
非ポリマー5,83418
水63135
1
A: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6569
ポリマ－35,9411
非ポリマー2,7168
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,05911
ポリマ－35,9411
非ポリマー3,11810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.852, 61.441, 100.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999991, 0.004062, 0.001058), (0.003701, 0.734531, 0.678565), (0.001979, 0.678563, -0.734539)-13.73911, -18.27991, 46.50096

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR / BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR / BETA-1 ADRENORECEPTOR / BETA-1 ADRENOCEPTOR / BETA-T


分子量: 35940.777 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-243,272-368 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 3-32 AT THE N-TERMINUS AND RESIDUES 244-271 OF THE THIRD INTRACELLULAR LOOP WERE DELETED FROM THE CONSTRUCT. THE CONSTRUCT WAS TRUNCATED AFTER RESIDUE 367 AND A HEXAHIS TAG ADDED.
由来: (組換発現) MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PBACPAK8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07700

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非ポリマー , 5種, 53分子

#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 化合物
ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-XF5 / 4-(PIPERAZIN-1-YL)-1H-INDOLE / 4-ピペラジノ-1H-インド-ル


分子量: 201.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTABILITY R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338M THE ...THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTABILITY R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338M THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE EXPRESSION AND HELP CRYSTALLISATION C116L, C358A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 9 / 詳細: 0.1M BICINE PH9.0, 24% PEG600, 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→61.4 Å / Num. obs: 23841 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AMJ

4amj


解像度: 2.8→95.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 11.771 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.89 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 1214 5.1 %
Rwork0.22026 --
obs0.22298 22615 91.74 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.94 Å2
2--1.82 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→95.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 313 35 4996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.025090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2972.0086903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9663.0188120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8465583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01722.022178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.44315808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3051535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 89 -
Rwork0.278 1555 -
obs--90.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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