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万見
- PDB-2y01: TURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y01
タイトルTURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND BOUND PARTIAL AGONIST DOBUTAMINE (CRYSTAL DOB102)
要素BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR / SEVEN-HELIX RECEPTOR / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / THERMOSTABILISING POINT MUTATIONS / GPCR / 7TM RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart contraction / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / early endosome / positive regulation of MAPK cascade / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DOBUTAMINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Beta-1 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Warne, A. / Moukhametzianov, R. / Baker, J.G. / Nehme, R. / Edwards, P.C. / Leslie, A.G.W. / Schertler, G.F.X. / Tate, C.G.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The Structural Basis for Agonist and Partial Agonist Action on a Beta1-Adrenergic Receptor
著者: Warne, A. / Moukhametzianov, R. / Baker, J.G. / Nehme, R. / Edwards, P.C. / Leslie, A.G.W. / Schertler, G.F.X. / Tate, C.G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Conformational Thermostabilization of the Beta1- Adrenergic Receptor in a Detergent-Resistant Form.
著者: Serrano-Vega, M.J. / Magnani, F. / Shibata, Y. / Tate, C.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of a Beta1-Adrenergic G-Protein-Coupled Receptor.
著者: Warne, T. / Serrano-Vega, M.J. / Baker, J.G. / Moukhametzianov, R. / Edwards, P.C. / Henderson, R. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G. / Schertler, G.F.X.
履歴
登録2010年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
B: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,22618
ポリマ－71,8822
非ポリマー6,34516
水73941
1
A: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1139
ポリマ－35,9411
非ポリマー3,1728
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1139
ポリマ－35,9411
非ポリマー3,1728
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-20.5 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.100, 61.600, 101.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUALAALA1AA47 - 6517 - 35
21LEULEUALAALA1BB47 - 6517 - 35
12LEULEUPHEPHE1AA75 - 9745 - 67
22LEULEUPHEPHE1BB75 - 9745 - 67
13SERSERILEILE1AA111 - 14381 - 113
23SERSERILEILE1BB111 - 14381 - 113
14METMETPROPRO1AA153 - 176123 - 146
24METMETPROPRO1BB153 - 176123 - 146
15ARGARGPROPRO1AA205 - 219175 - 189
25ARGARGPROPRO1BB205 - 219175 - 189
16ILEILEVALVAL1AA222 - 226192 - 196
26ILEILEVALVAL1BB222 - 226192 - 196
17ARGARGTRPTRP1AA279 - 303221 - 245
27ARGARGTRPTRP1BB279 - 303221 - 245
18LEULEUALAALA1AA331 - 358273 - 300
28LEULEUALAALA1BB331 - 358273 - 300
19ALAALALEULEU4AA33 - 463 - 16
29ALAALALEULEU4BB33 - 463 - 16
110GLYGLYGLYGLY4AA98 - 11068 - 80
210GLYGLYGLYGLY4BB98 - 11068 - 80

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要素

#1: タンパク質 BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR / BETA-1 ADRENORECEPTOR / BETA-1 ADRENOCEPTOR / BETA-T


分子量: 35940.777 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-368 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 3-32 AT THE N-TERMINUS AND RESIDUES 244-271 OF THE THIRD INTRACELLULAR LOOP WERE DELETED FROM THE CONSTRUCT. THE CONSTRUCT WAS TRUNCATED AFTER RESIDUE 367 AND A HEXAHIS TAG ADDED.
由来: (組換発現) MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PBACPAK8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07700
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 化合物
ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-Y00 / DOBUTAMINE


分子量: 301.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 90 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 90 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 116 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 282 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 327 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 338 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 358 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 90 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 116 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 282 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 327 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 338 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 358 TO ALA
Has protein modificationY
配列の詳細THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTABILITY R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338M THE ...THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTABILITY R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338M THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE EXPRESSION AND HELP CRYSTALLISATION C116L, C358A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, PROTEIN (15MG/ML) IN 100MM NACL, 0.1MM EDTA, 1.0MM (R, S)-DOBUTAMINE, 0.9MG/ML CHS, 0.6% HEGA-10, 0.1M BICINE PH9, 25% PEG600 AT 4 DEGREES C, pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.9 Å / Num. obs: 30953 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VT4

2vt4


解像度: 2.6→95.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 9.967 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.451 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26636 1565 5.1 %RANDOM
Rwork0.22571 ---
obs0.22772 29388 94.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å20.69 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→95.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4639 0 373 41 5053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3852.0166968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9955581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42722.022178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.0315808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5321535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45532915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78354733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.56952214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.756102235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1326tight positional0.040.05
2B1326tight positional0.040.05
1A208medium positional0.060.5
2B208medium positional0.060.5
1A1326tight thermal3.3410
2B1326tight thermal3.3410
1A208medium thermal2.4120
2B208medium thermal2.4120
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 105 -
Rwork0.309 1954 -
obs--85.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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