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- PDB-3zn4: VP16, a capsid protein of bacteriophage P23-77 (VP16-type-2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zn4
タイトルVP16, a capsid protein of bacteriophage P23-77 (VP16-type-2)
要素VP16
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性Jelly Rolls - #1180 / : / Major capsid protein VP16-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / identical protein binding / CITRIC ACID / VP16
機能・相同性情報
生物種THERMUS PHAGE P23-77 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Rissanen, I. / Grimes, J.M. / Pawlowski, A. / Mantynen, S. / Harlos, K. / Bamford, J.K.H. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Bacteriophage P23-77 Capsid Protein Structures Reveal the Archetype of an Ancient Branch from a Major Virus Lineage.
著者: Rissanen, I. / Grimes, J.M. / Pawlowski, A. / Mantynen, S. / Harlos, K. / Bamford, J.K.H. / Stuart, D.I.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3553
ポリマ－19,1281
非ポリマー2282
水4,594255
1
A: VP16
ヘテロ分子

A: VP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7116
ポリマ－38,2562
非ポリマー4554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-59.2 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.600, 68.570, 31.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-122-

LEU

21A-1169-

CL

31A-2040-

HOH

41A-2054-

HOH

51A-2055-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VP16


分子量: 19127.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SUBUNIT OF A STRAND-SWAPPED HOMODIMER / 由来: (組換発現) THERMUS PHAGE P23-77 (ファージ) / プラスミド: PIR2 (ORF16/PET22B) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: C8CHL4
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SYSTEM IN A 96-WELL PLATE, 200 NL OF PROTEIN (2-3 MG/ML IN 20 MM TRIS-BUFFER PH 7.4) MIXED WITH 200 NL SOLUTION CONSISTING 20%(W/V) PEG6000 AND 0.1 M CITRATE PH 4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→34.3 Å / Num. obs: 37146 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 10.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.26→1.3 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 41.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZMO

3zmo


解像度: 1.26→17.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9655 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9548 / SU R Cruickshank DPI: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.049 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.049
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. RESIDUES 1-18 AND 168-173 ARE ALTERNATE CONFORMATIONS WERE MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1855 5 %RANDOM
Rwork0.1563 ---
obs0.1577 37133 84.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1331 Å20 Å2-0.983 Å2
2--0.3885 Å20 Å2
3---0.7446 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→17.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1167 0 14 255 1436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011293HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.081779HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d434SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes193HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1293HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion162SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1727SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.29 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 70 5.7 %
Rwork0.2001 1158 -
all0.2012 1228 -
obs--84.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98140.1664-0.75340.2263-0.06310.5287-0.038-0.13640.10590.01760.0350.01190.01190.02480.003-0.00480.00140.0068-0.00620.0013-0.0128-9.3275-14.95334.1585
20.14460.1030.12130.3005-0.11560.40920.00790.00030.02210.0327-0.0133-0.01340.06590.03980.0054-0.0013-0.0040.0141-0.0083-0.0024-0.001116.467-19.06280.8917
30.92570.61920.57131.22381.28491.4926-0.00270.02930.00530.025-0.00060.0186-0.007-0.06190.00330.00420.00090.0088-0.00730.0101-0.01955.4427-22.18430.2896
41.65150.10960.56971.32410.3611.62750.0013-0.0326-0.02450.06180.0498-0.05140.06160.1737-0.051-0.02450.00850.0104-0.00850.002-0.031516.9725-22.317311.2609
50.01610.2652-0.07350.03580.08020.03610.0001-0.0094-0.0058-0.00060.00590.0115-0.0054-0.0035-0.0060.05050.02010.0306-0.0199-0.0019-0.00058.9855-39.15087.3228
60.66570.33060.00010.8106-0.10440.525-0.0037-0.01010.0349-0.045-0.0121-0.0062-0.00550.01950.0157-0.00850.00160.0099-0.01010-0.016714.4616-17.4275-0.579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|19 - A|39 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|40 - A|69 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|70 - A|94 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|95 - A|123 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|124 - A|129 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|130 - A|167 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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