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万見
- PDB-3zl4: Antibody structural organization: Role of kappa - lambda chain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zl4
タイトルAntibody structural organization: Role of kappa - lambda chain constant domain switch in catalytic functionality
要素
  • A17 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
  • A17 ANTIBODY FAB FRAGMENT LAMBDA LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lambda-chain (AA -20 to 215) / IGH@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chatziefthimiou, S.D. / Ponomarenko, N.A. / Kurkova, I.N. / Smirnov, A.V. / Smirnov, I.V. / Lamzin, V.S. / Gabibov, A.G. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Role of Kappa>Lambda Light-Chain Constant-Domain Switch in the Structure and Functionality of A17 Reactibody
著者: Ponomarenko, N.A. / Chatziefthimiou, S.D. / Kurkova, I.N. / Mokrushina, Y.A. / Stepanova, A.V. / Smirnov, I.V. / Avakyan, E.M. / Bobik, T.V. / Mamedov, A. / Mitkevich, V.A. / Belogurov, A.J. ...著者: Ponomarenko, N.A. / Chatziefthimiou, S.D. / Kurkova, I.N. / Mokrushina, Y.A. / Stepanova, A.V. / Smirnov, I.V. / Avakyan, E.M. / Bobik, T.V. / Mamedov, A. / Mitkevich, V.A. / Belogurov, A.J. / Fedorova, O.S. / Dubina, M. / Golovin, A. / Lamzin, V.S. / Friboulet, A. / Makarov, A.A. / Wilmanns, M. / Gabibov, A.G.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32014年12月17日Group: Data collection
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: A17 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
L: A17 ANTIBODY FAB FRAGMENT LAMBDA LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7263
ポリマ－53,5312
非ポリマー1951
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.631, 60.631, 279.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 A17 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 27415.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPICZALFA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q6GMX6*PLUS
#2: 抗体 A17 ANTIBODY FAB FRAGMENT LAMBDA LIGHT CHAIN


分子量: 26115.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPICZALFA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS GS115 (菌類) / 参照: UniProt: A2NUT2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH 6.5, 0.25 M AMMONIUM SULFATE, 20% W/V PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2234
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月14日
放射モノクロメーター: SI(III) CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2234 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 39334 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XZA

2xza


解像度: 1.95→24.399 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 1971 5 %
Rwork0.2052 --
obs0.2077 39271 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 12 310 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1184687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6851216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99880.30881430.27782567X-RAY DIFFRACTION100
1.9988-2.05280.33071200.25712606X-RAY DIFFRACTION99
2.0528-2.11320.28371230.23872611X-RAY DIFFRACTION100
2.1132-2.18130.3061400.24082624X-RAY DIFFRACTION100
2.1813-2.25920.27921270.232640X-RAY DIFFRACTION100
2.2592-2.34960.31281550.22152576X-RAY DIFFRACTION100
2.3496-2.45650.27351280.21972654X-RAY DIFFRACTION100
2.4565-2.58580.27461410.22422626X-RAY DIFFRACTION100
2.5858-2.74770.30971470.2312660X-RAY DIFFRACTION100
2.7477-2.95950.27841380.23242660X-RAY DIFFRACTION100
2.9595-3.25670.25471550.21172670X-RAY DIFFRACTION100
3.2567-3.72650.28631420.19892717X-RAY DIFFRACTION100
3.7265-4.68950.18141610.16612756X-RAY DIFFRACTION100
4.6895-24.40070.21921510.17512933X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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