PDB-3ze9: 3D structure of the NiFeSe hydrogenase from D. vulgaris Hildenbor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ze9

タイトル

3D structure of the NiFeSe hydrogenase from D. vulgaris Hildenborough in the oxidized as-isolated state at 1.33 Angstroms

要素

(PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYDROGENASE BIOHYDROGEN OXYGEN TOLERANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-c3 hydrogenase / ferredoxin hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

引用

ジャーナル: Int.J.Hydrogen Energy / 年: 2013
タイトル: Redox State-Dependent Changes in the Crystal Structure of [Nifese] Hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough
著者: Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description
改定 1.2	2014年5月14日	Group: Atomic model
改定 1.3	2014年11月5日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.4	2018年6月27日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _struct_conn_type.id
改定 2.0	2019年4月24日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Polymer sequence カテゴリ: atom_site / entity_poly ...atom_site / entity_poly / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ze9.cif.gz	458.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ze9.ent.gz	381.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ze9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ze6C 3ze7C 3ze8C 3zeaC 2wpnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jt1-d 6z8j-2 6z9g-1 6ru9-d 6z7r-1 5jsk-d 6z7r-2 6z8m-d 6rtp-d 3zea-d 6z9o-d 6z9g-4 2wpn-d 5jsu-d 5jsh-d 6z8o-1 6za1-d 6z8j-1 3ze8-d 6z9g-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (20) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (20)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, SMALL SUBUNIT

B: PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, LARGE SUBUNIT, SELENOCYSTEINE-CONTAINING

ヘテロ分子

85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.694, 63.348, 109.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2228- HOH
2	1	A-2241- HOH

-
PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, SMALL SUBUNIT 分子量: 30293.635 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 35-317 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: Q72AS4, ferredoxin hydrogenase
#2: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, LARGE SUBUNIT, SELENOCYSTEINE-CONTAINING 分子量: 53431.121 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 12-495 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: Q72AS3, ferredoxin hydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 748分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-FSX / BIS-(MU-2-OXO),[(MU-3--SULFIDO)-BIS(MU-2--SULFIDO)-TRIS(CYS-S)-TRI-IRON] (AQUA)(GLU-O)IRON(II) / FE4-S3-O3 CLUSTER 分子量: 367.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄O₃S₃
#5: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#6: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	SIGNAL PEPTIDE CLEAVED OFF MATURE PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. 1 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 16% PEG 8000 (W/V) AND 0.05 M KH2PO4 PH 4.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF A ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. 1 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 16% PEG 8000 (W/V) AND 0.05 M KH2PO4 PH 4.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF A SOLUTION COMPOSED OF 11 MG/ML PROTEIN IN 20 MM TRIS-HCL BUFFER PH 7.6, AND EQUILIBRATED AGAINST A 500 UL RESERVOIR.

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. 1 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 16% PEG 8000 (W/V) AND 0.05 M KH2PO4 PH 4.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF A ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→53.9 Å / Num. obs: 159127 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.33→1.41 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPN

2wpn

解像度: 1.33→52.895 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 15.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: REFINEMENT PROTOCOL USED SEPARATE FRIEDEL PAIRS. TOTAL NUMBER OF REFLECTIONS 301432.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1478	15046	5 %
R_work	0.1312	-	-
obs	0.132	159117	94.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→52.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5839	0	36	741	6616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.303	8533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.434	2382
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	928
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1113

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.3451	0.3074	451	0.3024	8780	X-RAY DIFFRACTION	87
1.3451-1.361	0.284	526	0.2898	9689	X-RAY DIFFRACTION	96
1.361-1.3776	0.2781	509	0.2709	9876	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3776-1.395	0.2678	427	0.2543	9565	X-RAY DIFFRACTION	96
1.395-1.4133	0.2642	506	0.2439	9731	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4133-1.4327	0.2126	536	0.2249	9532	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4327-1.4532	0.2392	517	0.2184	9604	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4532-1.4749	0.2205	506	0.2009	9424	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4749-1.4979	0.2073	515	0.2013	9163	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4979-1.5225	0.1875	453	0.1781	9648	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5225-1.5487	0.1862	474	0.1597	9907	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5487-1.5769	0.1587	567	0.1505	9582	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5769-1.6072	0.1746	593	0.1462	9673	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6072-1.64	0.1658	521	0.1369	9748	X-RAY DIFFRACTION	96
1.64-1.6757	0.1351	500	0.1247	9669	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6757-1.7147	0.1448	479	0.1217	9602	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7147-1.7576	0.1349	475	0.1215	9322	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7576-1.8051	0.1409	523	0.1217	9393	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8051-1.8582	0.1346	527	0.1138	9814	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8582-1.9182	0.1282	535	0.1114	9822	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9182-1.9867	0.1356	480	0.1159	9705	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9867-2.0663	0.1395	470	0.1151	9605	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0663-2.1603	0.1376	495	0.1124	9398	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1603-2.2742	0.135	509	0.1119	9103	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2742-2.4167	0.1165	515	0.1075	9709	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4167-2.6033	0.1203	450	0.108	9721	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6033-2.8653	0.1299	500	0.1181	9518	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8653-3.2798	0.1409	496	0.1246	8985	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2798-4.132	0.132	485	0.1163	9827	X-RAY DIFFRACTION	97
4.132-52.9372	0.1437	506	0.1265	9267	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.286	-0.4271	-0.5051	1.7162	0.0226	1.6044	0.0306	-0.0256	-0.0181	-0.0686	-0.0471	-0.2098	0.0564	0.2904	-0.0105	0.1154	0.0233	-0.0017	0.1608	0.0062	0.1424	42.6323	-26.591	27.1061
2	2.8704	-0.2417	-0.2335	1.7427	-0.4418	1.6938	-0.0165	0.201	-0.3091	-0.2796	-0.0226	-0.0518	0.3311	0.1585	0.0671	0.215	0.0373	-0.0062	0.1392	-0.0542	0.1704	36.2204	-38.2848	21.5206
3	0.8358	-0.2762	-0.1275	0.8576	0.0567	1.1094	-0.0066	-0.0834	-0.1017	0.0428	0.0377	0.0255	0.0734	-0.0002	-0.0166	0.0856	0.0084	-0.0099	0.087	0.0122	0.1126	28.6877	-29.6595	45.0478
4	7.4474	3.338	-5.2144	1.8124	-2.3971	3.6624	-0.0331	-0.1063	0.0179	0.138	0.0918	0.1407	-0.0512	0.0366	-0.0629	0.1595	0.0254	0.0099	0.1992	0.0128	0.1662	20.156	-22.6677	55.7923
5	7.5133	-5.8463	-6.3949	7.5169	6.1679	5.9229	-0.0313	0.083	0.1301	0.1227	0.1556	-0.0487	0.0018	-0.0094	-0.1328	0.1753	0.0153	-0.0023	0.1873	0.0061	0.2	25.9146	-23.8676	45.8173
6	2.3146	-0.701	-0.9993	5.1658	-3.4674	3.3009	-0.0153	0.2174	-0.1562	-0.0692	-0.0113	-0.2966	0.2784	0.3743	0.0164	0.1623	0.018	-0.0177	0.1684	-0.0067	0.1797	27.5577	-27.1407	33.3078
7	0.7618	-0.1418	-0.3037	0.6697	-0.0448	1.0745	0.0437	0.024	0.0532	-0.0644	0.0163	-0.0289	-0.1125	0.057	-0.0562	0.1103	0.0126	-0.008	0.0965	-0.0029	0.1117	31.5111	-13.3433	26.0543
8	1.2381	-0.1486	0.0006	1.6019	-0.0438	1.3126	0.1681	0.108	-0.0935	-0.1144	0.0205	0.486	0.0318	-0.4035	-0.1096	0.1973	0.0339	-0.0436	0.2628	0.0479	0.217	14.0578	-11.9943	15.7744
9	0.7738	-0.2635	-0.3297	0.6922	-0.0151	1.216	0.0794	0.1117	0.0353	-0.1479	0.0136	0.0537	-0.1321	-0.0819	-0.0831	0.1448	0.0263	-0.0146	0.114	0.014	0.1126	23.7736	-10.0855	18.5589
10	3.5644	0.8982	1.7829	3.4041	3.2703	3.4019	-0.1832	-0.5906	-0.5711	-0.2167	0.6324	0.5278	-0.333	0.1051	-0.4693	0.2272	-0.0096	-0.0149	0.1972	0.0058	0.1717	24.1716	-16.1886	24.1289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 5:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 63:108)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 109:283)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 284)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 285)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 286)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 15:236)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 237:308)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 309:495)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 500:501)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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