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- PDB-6z9o: Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491S variant from Desulfovibri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9o
タイトルStructure of [NiFeSe] hydrogenase G491S variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2-ld
要素(Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / Selenium / gas channels / high-pressure derivatization
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / periplasmic space / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site ...: / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
oxygen-damaged SF4 / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / HYDROSULFURIC ACID / NICKEL (II) ION / OXYGEN MOLECULE / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / cytochrome-c3 hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BEP/2885/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLISBOA-01-0145-FEDER-007660 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Exploring the gas access routes in a [NiFeSe] hydrogenase using crystals pressurized with krypton and oxygen.
著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,66818
ポリマ－83,6272
非ポリマー2,04116
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.096, 63.503, 109.942
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.739, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-493-

HOH

-
要素

-
Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit


分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysB, DVU_1917
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS4, ferredoxin hydrogenase
#2: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing


分子量: 53365.086 Da / 分子数: 1 / Mutation: G491A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysA, DVU_1918
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS3, ferredoxin hydrogenase

-
非ポリマー , 9種, 295分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-6ML / oxygen-damaged SF4


分子量: 383.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O2S4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50.98 Å / Num. obs: 137666 / % possible obs: 75.7 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.53→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4020 / CC1/2: 0.502 / Rpim(I) all: 0.503 / % possible all: 17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSK

5jsk


解像度: 1.53→50.98 Å / SU ML: 0.1318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 21.5968
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 6666 4.84 %
Rwork0.161 131000 -
obs0.1621 137666 65.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→50.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5841 0 63 279 6183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00476149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0938383
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.87672301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.550.302220.33231X-RAY DIFFRACTION0.49
1.55-1.570.332180.3462131X-RAY DIFFRACTION2.07
1.57-1.590.3335190.2976451X-RAY DIFFRACTION6.69
1.59-1.610.3373330.3081900X-RAY DIFFRACTION13.58
1.61-1.630.3464780.3051495X-RAY DIFFRACTION22.26
1.63-1.650.31651410.29282020X-RAY DIFFRACTION31.9
1.65-1.670.28181190.28592614X-RAY DIFFRACTION38.57
1.67-1.70.28461420.27743131X-RAY DIFFRACTION48.01
1.7-1.730.29471920.27673827X-RAY DIFFRACTION57.37
1.73-1.750.28112480.26744452X-RAY DIFFRACTION68.15
1.75-1.780.29652270.25955002X-RAY DIFFRACTION74.65
1.78-1.820.28572630.24785076X-RAY DIFFRACTION76.23
1.82-1.850.26722790.24245256X-RAY DIFFRACTION81.03
1.85-1.890.23432650.23145549X-RAY DIFFRACTION82.93
1.89-1.930.22072890.20995558X-RAY DIFFRACTION82.92
1.93-1.980.21632540.19465428X-RAY DIFFRACTION83.22
1.98-2.020.20472610.18115595X-RAY DIFFRACTION84.07
2.02-2.080.18053290.16145502X-RAY DIFFRACTION83.8
2.08-2.140.16512830.15215430X-RAY DIFFRACTION81.98
2.14-2.210.16312540.14865456X-RAY DIFFRACTION82.08
2.21-2.290.16763030.14035592X-RAY DIFFRACTION84.36
2.29-2.380.1692850.14045483X-RAY DIFFRACTION83.23
2.38-2.490.16783100.13565854X-RAY DIFFRACTION88.64
2.49-2.620.15372490.12975968X-RAY DIFFRACTION89.78
2.62-2.780.16362850.13635901X-RAY DIFFRACTION88.94
2.78-30.15473160.13485779X-RAY DIFFRACTION87.77
3-3.30.18072930.13355862X-RAY DIFFRACTION88.28
3.3-3.780.13683310.13055781X-RAY DIFFRACTION88.12
3.78-4.760.17843050.13966063X-RAY DIFFRACTION91.15
4.76-50.980.19853030.17745813X-RAY DIFFRACTION88.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.931112188490.19091900413-0.1299070213851.46801535736-0.1840252331421.45080098387-0.001619274620040.0101156661857-0.08483677545170.006090344317540.00153955979811-0.05393844602060.1366916321950.191878301696-0.009898291514780.1538840911220.0320992557868-0.00943532143170.147369539611-0.01174239005190.1105074746597.17938955602-29.4327409074139.524635328
22.239083417250.6940343232790.1313873056211.6472258064-0.413062451231.40378243687-0.009063254584410.157625586262-0.204837004612-0.221341420736-0.00425642128541-0.09989031432090.2813103695950.1996305215130.01327380504820.2386580086180.05747795035370.00396533743120.20363404085-0.06210047527450.1624615859210.7082551102-33.2817553305126.957892028
34.02588986191-0.000199502463063-2.818979620573.68310028305-0.8068210988125.70995094770.08266947264980.316102346937-0.32707822811-0.278582798629-0.115881658080.1997873861870.587808845246-0.09119684738150.01956479032120.2678763618190.0390041338426-0.02450878487310.166641711081-0.08382510986520.1947592023277.29935530698-39.3730939038127.841705101
47.27508583121-4.86403371910.1627212658185.44219171838-0.9949911197841.3414064305-0.0890594511575-0.162886700775-0.03480945872920.1517615902850.0282912691172-0.5135243686340.1810587078040.1612563057070.02748944336860.1974218060150.0316733321389-0.009319893063630.216440033893-0.02991103260710.17266026576618.1605070007-33.6664086038149.901120381
51.49301684081-1.19957314059-0.1859318379311.8968851818-0.3245592182641.92338479466-0.211775761475-0.323730543748-0.06620777448860.3758713073410.2279018570590.203535577754-0.050919530659-0.100838645752-0.000585798658890.1956415924410.02382361048520.03433078358730.2245100528950.004838197234710.173637304747-4.94436286265-21.8378533728160.974898812
60.8160106551520.3599359659590.6809550705132.250333314390.3582454899052.28401597494-0.0797089238283-0.123959906348-0.04338669919170.06239748278410.0974436422980.0515595786113-0.0190714172583-0.110535716053-0.009860183457680.1382405185780.02977036364380.01433318562010.1714549594860.0004832000719310.132587397258-3.77166925672-21.369133768153.664169273
72.44728675626-0.436967753486-0.6724860633071.85047403605-0.2177797058646.70697642420.0009978728993150.206741606821-0.0815109152339-0.194447105593-0.0405375977147-0.06864881733140.224787441795-0.06031319065280.02749946539830.1835326907980.00886409526035-0.01563847230420.145856828692-0.04008307730060.1351392456865.0830517435-23.1033020469112.472012853
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and ((resid 5 through 46 ) or (resid 112 through 162 ) or (resid 286 through 287))AA - E5 - 2871
22chain 'A' and (resid 47 through 96 )AA47 - 9646 - 98
33chain 'A' and (resid 97 through 111 )AA97 - 11199 - 116
44chain 'A' and (resid 163 through 192 )AA163 - 192168 - 197
55chain 'A' and (resid 193 through 242 )AA193 - 242198 - 249
66chain 'A' and ((resid 243 through 283 ) or (resid 284 through 285))AA - C243 - 285250
77chain 'B' and (resid 14 through 49 )BF14 - 491 - 41
88chain 'B' and ((resid 50 through 180 ) or (resid 433 through 495 ) or (resid 500 through 504))BF - K50 - 50442
99chain 'B' and (resid 181 through 219 )BF181 - 219179 - 217
1010chain 'B' and (resid 220 through 262 )BF220 - 262218 - 260
1111chain 'B' and (resid 263 through 329 )BF263 - 329261 - 329
1212chain 'B' and (resid 330 through 395 )BF330 - 395330 - 397
1313chain 'B' and (resid 396 through 432 )BF396 - 432398 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る