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- PDB-3ze7: 3D structure of the Ni-Fe-Se hydrogenase from D. vulgaris Hildenb... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ze7 | ||||||
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Title | 3D structure of the Ni-Fe-Se hydrogenase from D. vulgaris Hildenborough in the reduced state at 1.95 Angstroms | ||||||
![]() | (PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HYDROGENASE BIOHYDROGEN OXYGEN TOLERANCE | ||||||
Function / homology | ![]() cytochrome-c3 hydrogenase / ferredoxin hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cytochrome-c3 hydrogenase / ferredoxin hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Redox State-Dependent Changes in the Crystal Structure of [Nifese] Hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough Authors: Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. #1: ![]() Title: The Three-Dimensional Structure of [Nifese] Hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough: A Hydrogenase without a Bridging Ligand in the Active Site in its Oxidised, "as-Isolated" State. Authors: Marques, M.C. / Coelho, R. / De Lacey, A.L. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 316.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 254.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ze6C ![]() 3ze8C ![]() 3ze9C ![]() 3zeaC ![]() 2wpnS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30261.568 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 35-317 / Source method: isolated from a natural source Details: CYSTEINE B 75 IS OXIDIZED TO CYSTEINE SULFINIC ACID Source: (natural) ![]() |
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#2: Protein | Mass: 53399.059 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 12-495 / Source method: isolated from a natural source Details: CYSTEINE B 75 IS OXIDIZED TO CYSTEINE SULFINIC ACID Source: (natural) ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 741 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FCO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FCO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FCO / | #5: Chemical | ChemComp-NI / | #6: Chemical | ChemComp-FE2 / | #7: Chemical | ChemComp-H2S / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | S-OXY CYSTEINE (OCS): CYSTEINE SULFINIC ACID CYS-SO2 |
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Sequence details | SIGNAL PEPTIDE CLEAVED OFF MATURE PROTEIN |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 20C BY MIXING 1.5 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 1500, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 AND AN ...Details: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 20C BY MIXING 1.5 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 1500, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 AND AN EQUAL VOLUME OF A SOLUTION COMPOSED OF 10 MG/ML OF PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL BUFFER AT PH 7.6. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 18, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→45.8 Å / Num. obs: 53472 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.07 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 95.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WPN Resolution: 1.95→45.779 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.27 / Phase error: 17.23 / Stereochemistry target values: ML / Details: REFINEMENT PROTOCOL INCLUDED ANOMALOUS DIFFERENCES
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.385 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→45.779 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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