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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of murine Angiogenin-3 | ||||||
![]() | ANGIOGENIN-3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / RIBONUCLEASE A | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endonuclease activity / cell differentiation / negative regulation of translation / nucleolus / DNA binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iyer, S. / Holloway, D.E. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Murine Angiogenin-2 and -3 - Probing 'Structure - Function' Relationships Amongst Angiogenin Homologues. 著者: Iyer, S. / Holloway, D.E. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14167.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P97802, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ACY / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 25% PEG 3350, 20MM SODIUM CITRATE; PH 4.6 AND 2% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月18日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 15155 / % possible obs: 75.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 23.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BWK 解像度: 1.801→27.679 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.957 Å2 / ksol: 0.448 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→27.679 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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