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- PDB-3x0f: Crystal structure of the ectodomain of mouse CD81 large extracell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x0f
タイトルCrystal structure of the ectodomain of mouse CD81 large extracellular loop (mCD81-LEL)
要素CD81 antigen
キーワードCELL ADHESION / helical bundle / disulfide bond / immune cell adhesion / morphology / activation / proliferation / differentiation / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / : / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell ...: / positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / : / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / Regulation of Complement cascade / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / transferrin receptor binding / immunological synapse formation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of B cell activation / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of cell motility / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / protein localization / receptor internalization / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / vesicle / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / CD81 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.471 Å
データ登録者Zhang, M. / Cui, S.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: An intramolecular bond at cluster of differentiation 81 ectodomain is important for hepatitis C virus entry.
著者: Yang, W. / Zhang, M. / Chi, X. / Liu, X. / Qin, B. / Cui, S.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81 antigen
B: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8026
ポリマ－20,5612
非ポリマー2404
水1,53185
1
A: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4614
ポリマ－10,2811
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3412
ポリマ－10,2811
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.617, 57.922, 62.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1


分子量: 10280.641 Da / 分子数: 2 / 断片: large extracellular loop, UNP residues 113-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd81, Tapa1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P35762
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Sodium Citrate pH 5.5, 5% PEG 1000, 35% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator Crystal Type Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.471→44.617 Å / Num. all: 52822 / Num. obs: 52310 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.568 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 22.63
反射 シェル解像度: 1.47→1.56 Å / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 8532 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G8Q

1g8q


解像度: 1.471→36.231 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 1397 5.01 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.1997 27883 99.65 %-
all-52822 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.02 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å20 Å20 Å2
2--0.4137 Å20 Å2
3---1.3963 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.471→36.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1339 0 16 85 1440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6291926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.715527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003254
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4711-1.52370.32631350.2601256098
1.5237-1.58470.29931360.24092596100
1.5847-1.65680.29461390.19732630100
1.6568-1.74420.30761380.2072614100
1.7442-1.85340.24151370.18642617100
1.8534-1.99650.28231400.17382647100
1.9965-2.19740.22071400.16242648100
2.1974-2.51530.23881410.16232674100
2.5153-3.16880.22371420.18152693100
3.1688-36.24150.23991490.2218280799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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