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- PDB-3x0g: Crystal structure of the ectodomain of African green monkey CD81 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x0g
タイトルCrystal structure of the ectodomain of African green monkey CD81 large extracellular loop (agmCD81-LEL)
要素CD81
キーワードCELL ADHESION / disulfide bond / helical bundle / immune cell adhesion / morphology / activation / proliferation / differentiation / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of B cell proliferation / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / integrin binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Zhang, M. / Cui, S.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: An intramolecular bond at cluster of differentiation 81 ectodomain is important for hepatitis C virus entry.
著者: Yang, W. / Zhang, M. / Chi, X. / Liu, X. / Qin, B. / Cui, S.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5594
ポリマ－10,2051
非ポリマー3553
水1,00956
1
A: CD81
ヘテロ分子

A: CD81
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1188
ポリマ－20,4092
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.156, 39.700, 59.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 CD81


分子量: 10204.521 Da / 分子数: 1 / 断片: large extracellular loop / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
遺伝子: CD81 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D9RBI8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% Ethanol, 5% MPD, 0.1M Tris pH 8.5, 200mM Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→27.878 Å / Num. all: 7800 / Num. obs: 7580 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.93 % / Biso Wilson estimate: 31.196 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 21.28
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2.52 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique all: 1219 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BKH

4bkh
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.899→25.276 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 347 4.59 %RANDOM
Rwork0.2309 ---
obs0.232 7565 97.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.585 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0533 Å20 Å20 Å2
2--0.8344 Å20 Å2
3---4.2189 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→25.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数712 0 24 56 792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1631012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.478270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004127
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8995-2.39280.27111570.2419344094
2.3928-25.2780.24851900.22713778100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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