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- PDB-3x0e: Crystal structure of the ectodomain of human CD81 large extracell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x0e
タイトルCrystal structure of the ectodomain of human CD81 large extracellular loop (hCD81-LEL)
要素CD81 antigen
キーワードCELL ADHESION / helical bundle / disulfide bond / immune cell adhesion / morphology / activation / proliferation / differentiation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / transferrin receptor binding / immunological synapse formation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / MHC class II protein complex binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.844 Å
データ登録者Zhang, M. / Cui, S.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: An intramolecular bond at cluster of differentiation 81 ectodomain is important for hepatitis C virus entry.
著者: Yang, W. / Zhang, M. / Chi, X. / Liu, X. / Qin, B. / Cui, S.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81 antigen
B: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6197
ポリマ－20,4972
非ポリマー1225
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.124, 77.408, 38.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1 / Tetraspanin-28 / Tspan-28


分子量: 10248.508 Da / 分子数: 2 / 断片: large extracellular loop, UNP residues 113-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD81, TAPA1, TSPAN28 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P60033
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium acetate 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.834→36.625 Å / Num. all: 15251 / Num. obs: 14801 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 31.502 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.016 / Net I/σ(I): 16.63
反射 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / 冗長度: 5.56 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2451 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BKH

4bkh
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.844→29.61 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 737 4.99 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.1965 14771 98.59 %-
all-15251 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.427 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8642 Å20 Å25.9985 Å2
2---6.3708 Å20 Å2
3---7.235 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.844→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1350 0 5 126 1481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9011888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.117514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8443-1.98670.34461380.2893271996
1.9867-2.18650.28021470.20812834100
2.1865-2.50280.24911390.19152830100
2.5028-3.15270.20621610.19522856100
3.1527-29.61420.19811520.1774279597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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