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万見
- PDB-3wzl: ZEN lactonase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wzl
タイトルZEN lactonase
要素Zearalenone hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / lactonase / zearalenone
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / response to toxic substance / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zearalenone hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Clonostachys rosea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ko, T.P. / Huang, C.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: RSC ADV / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and substrate-binding mode of the mycoestrogen-detoxifying lactonase ZHD from Clonostachys rosea
著者: Peng, W. / Ko, T.P. / Yang, Y. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Huang, C.H. / Zeng, Y.F. / Huang, J.W. / Wand, A.H.-J. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zearalenone hydrolase
B: Zearalenone hydrolase
C: Zearalenone hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4953
ポリマ－91,4953
非ポリマー00
水4,234235
1
A: Zearalenone hydrolase
B: Zearalenone hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9972
ポリマ－60,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
2
C: Zearalenone hydrolase

C: Zearalenone hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9972
ポリマ－60,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.637, 86.637, 474.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

21A-387-

HOH

31C-309-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
31B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 264 / Label seq-ID: 15 - 278

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CC
2AA
3BB

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要素

#1: タンパク質 Zearalenone hydrolase


分子量: 30498.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clonostachys rosea (菌類) / 遺伝子: zhd101 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NKB0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 34045 / Num. obs: 33747 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→24.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 22.924 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26632 1635 5 %RANDOM
Rwork0.20992 ---
all0.21266 33863 --
obs0.21266 31238 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.05 Å22.02 Å20 Å2
2--4.05 Å20 Å2
3----6.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6066 0 0 235 6301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.9588496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.665789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78324.096249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.55915978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4091530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.53957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6426423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34732262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9044.52073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1C1056MEDIUM POSITIONAL0.390.5
2A1056MEDIUM POSITIONAL0.230.5
3B1056MEDIUM POSITIONAL0.240.5
1C966LOOSE POSITIONAL0.695
2A966LOOSE POSITIONAL0.465
3B966LOOSE POSITIONAL0.535
1C1056MEDIUM THERMAL32.42
2A1056MEDIUM THERMAL16.792
3B1056MEDIUM THERMAL16.362
1C966LOOSE THERMAL31.5110
2A966LOOSE THERMAL16.3410
3B966LOOSE THERMAL16.0510
LS精密化 シェル解像度: 2.597→2.736 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 186
Rwork0.281 3907
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6505-0.0109-0.17850.126-0.00971.8377-0.16110.11-0.02090.13560.18470.0033-0.05530.0357-0.02350.54090.07270.03360.2679-0.02230.2894-17.709118.157911.3335
20.31720.287-0.47790.3318-0.19081.8870.01910.0852-0.05020.0360.1162-0.0384-0.1346-0.0468-0.13530.4443-0.23470.04580.3221-0.02010.3051-7.961526.1668-27.5081
31.3652-1.2193-0.98691.17680.46144.8260.06070.0251-0.4938-0.13710.12880.47180.1113-0.9287-0.18950.1065-0.185-0.20090.44260.41561.237-49.1473.5492-19.8835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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