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万見
- PDB-3wzm: ZEN lactonase mutant complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wzm
タイトルZEN lactonase mutant complex
要素Zearalenone hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / lactonase / zearalenone
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / response to toxic substance / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZER / Zearalenone hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Clonostachys rosea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Ko, T.P. / Huang, C.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: RSC ADV / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and substrate-binding mode of the mycoestrogen-detoxifying lactonase ZHD from Clonostachys rosea
著者: Peng, W. / Ko, T.P. / Yang, Y. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Huang, C.H. / Zeng, Y.F. / Huang, J.W. / Wand, A.H.-J. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zearalenone hydrolase
B: Zearalenone hydrolase
C: Zearalenone hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4026
ポリマ－91,4473
非ポリマー9553
水7,674426
1
A: Zearalenone hydrolase
B: Zearalenone hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6024
ポリマ－60,9652
非ポリマー6372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
2
C: Zearalenone hydrolase
ヘテロ分子

C: Zearalenone hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6024
ポリマ－60,9652
非ポリマー6372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.842, 86.842, 471.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-424-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
31B
12C
22A
32B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEU5CC1 - 26415 - 278
21METMETLEULEU5AA1 - 26415 - 278
31METMETLEULEU5BB1 - 26415 - 278
12ZERZERZERZER1CF300
22ZERZERZERZER1AD300
32ZERZERZERZER1BE300

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Zearalenone hydrolase


分子量: 30482.430 Da / 分子数: 3 / 変異: S102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clonostachys rosea (菌類) / 遺伝子: zhd101 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NKB0
#2: 化合物 ChemComp-ZER / (3S,11E)-14,16-dihydroxy-3-methyl-3,4,5,6,9,10-hexahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecine-1,7(8H)-dione / Zearalenone / 2β-メチル-15,17-ジヒドロキシ-12,13-ブタノ-1-オキサシクロテトラデカン-10,15(13),16,1(以下略)


分子量: 318.364 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22O5 / コメント: 毒素*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, Soaking with Reservoir + 10mM zearalenone) , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→20 Å / Num. all: 38853 / Num. obs: 38626 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3WZL

3wzl


解像度: 2.48→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 17.529 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26788 1848 5 %RANDOM
Rwork0.20421 ---
all0.20736 38778 --
obs0.20736 35113 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å21.16 Å20 Å2
2--2.31 Å20 Å2
3----3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6063 0 69 426 6558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9698589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8145789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62124.096249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15915975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4841530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.871.53957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60426420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34732331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7584.52169
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11C1056MEDIUM POSITIONAL0.320.5
12A1056MEDIUM POSITIONAL0.180.5
13B1056MEDIUM POSITIONAL0.220.5
11C988LOOSE POSITIONAL0.555
12A988LOOSE POSITIONAL0.385
13B988LOOSE POSITIONAL0.485
11C1056MEDIUM THERMAL27.132
12A1056MEDIUM THERMAL14.892
13B1056MEDIUM THERMAL132
11C988LOOSE THERMAL26.2110
12A988LOOSE THERMAL14.3410
13B988LOOSE THERMAL12.7610
21C23TIGHT POSITIONAL0.040.05
22A23TIGHT POSITIONAL0.040.05
23B23TIGHT POSITIONAL0.030.05
21C23TIGHT THERMAL3.90.5
22A23TIGHT THERMAL2.010.5
23B23TIGHT THERMAL1.910.5
LS精密化 シェル解像度: 2.482→2.614 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 257
Rwork0.242 4628
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8340.2496-0.13440.6581-0.0082.1814-0.1210.0665-0.00330.13390.1979-0.0138-0.08330.0792-0.07690.35720.0340.02020.1672-0.02520.2432-17.890518.295611.0766
20.92980.3216-0.72410.6643-0.40662.7931-0.01550.10080.02030.05150.1017-0.0735-0.0885-0.1098-0.08620.3023-0.130.02330.2102-0.01710.2311-7.944326.3094-27.3866
32.0824-1.1274-0.25180.89820.98424.4659-0.02630.116-0.3881-0.04880.00920.2780.0776-0.60390.01710.0767-0.1433-0.13460.3250.1820.6359-48.99733.4387-19.9495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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