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- PDB-3wo2: Crystal structure of human interleukin-18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wo2
タイトルCrystal structure of human interleukin-18
要素Interleukin-18
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta trefoil fold / IL-1 superfamily / immunity / inflammation / autoimmunity / allergy / interleukin-18 receptor alpha / interleukin-18 receptor beta / serum
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of myoblast differentiation / type 2 immune response / natural killer cell activation / neutrophil activation / sleep / Interleukin-1 processing / positive regulation of NK T cell proliferation / triglyceride homeostasis / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / T-helper 1 type immune response / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / establishment of skin barrier / Pyroptosis / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / cholesterol homeostasis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Tsutsumi, N. / Kimura, T. / Arita, K. / Ariyoshi, M. / Ohnishi, H. / Kondo, N. / Shirakawa, M. / Kato, Z. / Tochio, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The structural basis for receptor recognition of human interleukin-18
著者: Tsutsumi, N. / Kimura, T. / Arita, K. / Ariyoshi, M. / Ohnishi, H. / Yamamoto, T. / Zuo, X. / Maenaka, K. / Park, E.Y. / Kondo, N. / Shirakawa, M. / Tochio, H. / Kato, Z.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-18
B: Interleukin-18
C: Interleukin-18
D: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,72220
ポリマ－72,9594
非ポリマー7,76316
水5,585310
1
A: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2766
ポリマ－18,2401
非ポリマー2,0375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1805
ポリマ－18,2401
非ポリマー1,9414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1805
ポリマ－18,2401
非ポリマー1,9414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0844
ポリマ－18,2401
非ポリマー1,8453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.146, 79.511, 73.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma


分子量: 18239.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14116
#2: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Bis-Tris-HCl, 2.5M ammonium sulfate, 0.2%(w/v) CHAPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→44.96 Å / Num. all: 33732 / Num. obs: 32990 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.46 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4746 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F62

3f62


解像度: 2.33→34.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9228 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8813 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.411 / SU Rfree Blow DPI: 0.267 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.268 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2714 1638 5.09 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.2206 32157 97.3 %-
all-33049 --
原子変位パラメータBiso max: 135.49 Å2 / Biso mean: 47.9386 Å2 / Biso min: 15.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8435 Å20 Å21.4184 Å2
2---2.3251 Å20 Å2
3----3.5184 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.385 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→34.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5017 0 401 310 5728
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2872SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes725HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5540HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion815SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6437SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5540HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7546HARMONIC21.38
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.09
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 127 4.44 %
Rwork0.2759 2734 -
all0.277 2861 -
obs--97.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0957-0.6947-1.58762.30440.49715.43410.03420.15510.2044-0.13550.1316-0.34180.07580.388-0.1657-0.15620.00490.0126-0.1784-0.0822-0.0614-2.167495.9085115.1171
23.46061.1316-0.73342.6015-0.3683.98840.1217-0.5754-0.19550.221-0.12030.1297-0.0568-0.1268-0.0014-0.1606-0.00360.0275-0.08330.0837-0.135226.547593.267137.1816
32.59470.85970.61872.31551.08073.9480.0011-0.43820.15820.242-0.0856-0.04480.089-0.12670.0845-0.10550.00560.0285-0.1051-0.0703-0.1234-5.732568.0378106.8099
43.3687-0.09440.15121.3856-0.47925.92360.07240.580.1586-0.10.17970.1904-0.2718-0.2974-0.2521-0.1526-0.00230.0633-0.12760.1673-0.11320.136664.8837143.275
5-0.01580.1959-0.02080.0296-0.02280.6343-0.02720.11150.0718-0.0115-0.0061-0.02640.06620.06230.03330.0018-0.00240.0291-0.0852-0.0318-0.093911.458180.3071126.227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|157 }A1 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|156 }B1 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|157 }C1 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|157 }D1 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|203 B|201 - B|203 C|201 - C|203 D|201 - D|203}A201 - 203
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|203 B|201 - B|203 C|201 - C|203 D|201 - D|203}B201 - 203
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|203 B|201 - B|203 C|201 - C|203 D|201 - D|203}C201 - 203
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|203 B|201 - B|203 C|201 - C|203 D|201 - D|203}D201 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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