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- PDB-5nsj: GP1 receptor-binding domain from Whitewater Arroyo mammarenavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nsj
タイトルGP1 receptor-binding domain from Whitewater Arroyo mammarenavirus
要素Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral glycoprotein / receptor binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Whitewater Arroyo mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.249 Å
データ登録者Shimon, A. / Shani, O. / Diskin, R.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation682/16 イスラエル
I-CORE1775/12 イスラエル
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Receptor Selectivity by the Whitewater Arroyo Mammarenavirus.
著者: Shimon, A. / Shani, O. / Diskin, R.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: citation / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _software.classification / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,27213
ポリマ－37,5622
非ポリマー2,70911
水6,035335
1
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2317
ポリマ－18,7811
非ポリマー1,4506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0406
ポリマ－18,7811
非ポリマー1,2595
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.024, 128.352, 45.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-452-

HOH

21A-466-

HOH

31A-508-

HOH

41A-512-

HOH

51A-548-

HOH

61B-450-

HOH

71B-577-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量: 18781.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Whitewater Arroyo mammarenavirus (ウイルス)
株: isolate Rat/United States/AV 9310135/1995 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q911P0

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 342分子

#4: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris HCL pH 8.7, 0.2 M ammonium acetate, 33% w/v polyethylene glycol 3,350, 5% ethylene glycol, 3% 1,1,1,3,3,3-hexafluro-2-propanol, 50 mM sodium bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.377 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.377 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.249→50 Å / Num. obs: 35366 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.249→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.969 / CC1/2: 0.739 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACis phenix, but edited to fix R-factor: AC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KAS

3kas


解像度: 2.249→45.321 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 1605 5.41 %
Rwork0.1828 --
obs0.1862 29679 85.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.249→45.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 116 335 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1383324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6761434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008417
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2534-2.3260.3196810.25291431X-RAY DIFFRACTION46
2.326-2.4090.27341360.24181716X-RAY DIFFRACTION55
2.409-2.50520.26251350.23491967X-RAY DIFFRACTION63
2.5052-2.61890.26111270.23552337X-RAY DIFFRACTION74
2.6189-2.75660.26241420.21852709X-RAY DIFFRACTION87
2.7566-2.92870.23941460.21942980X-RAY DIFFRACTION94
2.9287-3.15380.23411620.20082958X-RAY DIFFRACTION95
3.1538-3.46940.19131540.17252982X-RAY DIFFRACTION95
3.4694-3.96720.18411850.16012941X-RAY DIFFRACTION94
3.9672-4.98250.16121340.13943012X-RAY DIFFRACTION96
4.9825-18.66910.19411540.17642996X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.21772.48967.23628.61681.18976.4998-0.36031.1376-0.0548-0.33950.4863-0.94050.14430.4149-0.16420.3997-0.00450.01770.20930.04450.2366-10.4905-8.0516-16.383
26.346-0.2698-2.4323.41680.04283.0034-0.11980.6410.1352-0.52650.1203-0.36630.1056-0.1333-0.01250.2073-0.001-0.00130.11720.02470.1773-16.6512-14.9252-14.0292
34.0901-2.667-2.3936.14271.22351.42590.2443-0.7427-0.71160.39120.0587-0.09460.47770.6629-0.08960.1630.0003-0.03350.3964-0.00110.5907-25.0308-25.60292.6006
41.7582-2.2858-1.34576.8842.28622.61610.44430.30020.2359-0.21510.0277-1.0091-0.05880.2537-0.11840.68170.2417-0.0650.3298-0.04540.3333-14.0623-18.98523.9738
50.21130.2739-0.02030.3554-0.03240.1397-0.0460.34150.1903-0.10050.16740.37740.1242-0.3126-0.07220.4135-0.0664-0.21690.841-0.23111.1761-5.1404-25.4822-7.6913
64.104-3.76650.73179.21963.72723.4873-0.4266-0.37190.22530.8445-0.18460.28230.2974-0.16740.5620.3463-0.00260.01140.17990.0530.5068-8.4348-12.5325-5.2289
72.71950.2367-0.65032.52823.76845.9856-0.03380.1060.41120.12320.2868-0.43810.140.1916-0.21310.1467-0.0001-0.08050.16320.03010.2246-20.357-16.54252.0492
81.8984-2.3937-0.98393.0211.146.129-0.459-0.13420.09960.22550.0662-0.0603-0.1645-0.16650.10090.2343-0.0501-0.04360.1111-0.08490.2458-23.5279-4.453-3.9276
96.98971.5273-2.4422.77822.05933.6035-0.010.2670.3301-0.0974-0.14750.5133-0.0797-0.45140.11780.18130.0161-0.06460.09810.00840.3408-31.8497-8.418-7.1164
104.23150.2875-4.24635.22331.92535.2019-0.03791.09550.2853-1.50620.5902-0.556-0.677-0.6533-0.46160.5403-0.05330.06390.403-0.04590.2577-17.3699-18.0228-14.7748
115.16991.21070.18541.32960.3933.3654-0.24991.04090.1975-0.37730.2390.07910.15460.2730.13260.21420.0117-0.01090.3196-0.04490.1993-50.986-15.2735-3.1343
124.77730.3963-1.53723.1853-2.66495.39080.0923-0.16170.22470.64930.0639-0.1036-0.19740.8812-0.07230.25650.0381-0.0750.2836-0.09590.3688-41.1815-16.431112.1859
133.63221.613-0.07675.4895-0.45110.92480.08910.073-0.2197-0.0738-0.06520.01170.0175-0.0359-0.04220.1879-0.0087-0.02340.1226-0.00410.1956-51.4519-20.54427.3007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 79 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 109 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 119 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 131 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 148 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 149 through 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 180 through 194 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 195 through 207 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 208 through 220 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 79 through 109 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 110 through 137 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 138 through 220 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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