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- PDB-3wgv: Crystal structure of a Na+-bound Na+,K+-ATPase preceding the E1P ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wgv
タイトルCrystal structure of a Na+-bound Na+,K+-ATPase preceding the E1P state with oligomycin
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN/ANTIBIOTIC / membrane protein / ion pump / ATPase / Na+ binding / Haloacid dehydrogenease superfamily / phosphate analogue / ATP-binding / Hydrolase / Ion transport / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / P-type potassium transmembrane transporter activity / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity ...Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / P-type potassium transmembrane transporter activity / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / regulation of sodium ion transport / proton transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transport / melanosome / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / cell adhesion / apical plasma membrane / axon / innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na, k-atpase alpha subunit. / : / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A ...Na, k-atpase alpha subunit. / : / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / CHOLESTEROL / Oligomycin A / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kanai, R. / Ogawa, H. / Vilsen, B. / Cornelius, F. / Toyoshima, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a Na1-bound Na1,K1-ATPase preceding the E1P state
著者: Kanai, R. / Ogawa, H. / Vilsen, B. / Cornelius, F. / Toyoshima, C.
履歴
登録2013年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,98342
ポリマ－309,3956
非ポリマー13,58736
水86548
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,49121
ポリマ－154,6983
非ポリマー6,79418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16600 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area58560 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,49121
ポリマ－154,6983
非ポリマー6,79418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area57590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.285, 210.183, 256.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na+ / K+-ATPase alpha subunit


分子量: 112399.141 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 5-1020 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 生物種: kidney / 参照: UniProt: I7HD36, UniProt: P05024*PLUS, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Na+ / K+-ATPase beta subunit / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 35204.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 GE

#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: タンパク質 Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 7094.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79

-
非ポリマー , 8種, 82分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#9: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#10: 化合物 ChemComp-EFO / Oligomycin A / (1R,4E,5'S,6S,6'S,7R,8S,10R,11R,12S,14R,15S,16R,18E,20E,22R,25S,27R,28S,29R)-22-ethyl-7,11,14,15-tetrahydroxy-6'-[(2R)-2-hydroxypropyl]-5',6,8,10,12,14,16,28,29-nonamethyl-3',4',5',6'-tetrahydro-3H,9H,13H-spiro[2,26-dioxabicyclo[23.3.1]nonacosa-4,18,20-triene-27,2'-pyran]-3,9,13-trione


分子量: 791.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H74O11 / コメント: 抗生剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.4 %
結晶化温度: 283 K / pH: 6.2
詳細: 17.5% PEG 2000MME, 10% glycerol, 200mM NaCl, 50mM MES-NMDG, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR , SI (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 139752 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→15.995 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 3 / 位相誤差: 34.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 3965 2.98 %
Rwork0.2696 --
obs0.2704 132832 94.42 %
all-140682 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20937 0 924 48 21909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23930174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7038740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063746
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.8340.41141390.39924304X-RAY DIFFRACTION90
2.834-2.86960.3741400.38174303X-RAY DIFFRACTION89
2.8696-2.90720.37151310.36574331X-RAY DIFFRACTION90
2.9072-2.94680.34991420.36694332X-RAY DIFFRACTION89
2.9468-2.98860.37111240.37844325X-RAY DIFFRACTION91
2.9886-3.03290.40781360.36824420X-RAY DIFFRACTION91
3.0329-3.080.38141390.36964439X-RAY DIFFRACTION92
3.08-3.13010.37661450.36154494X-RAY DIFFRACTION93
3.1301-3.18370.36851220.36194548X-RAY DIFFRACTION94
3.1837-3.24110.34971340.35794537X-RAY DIFFRACTION94
3.2411-3.30290.38351490.3674594X-RAY DIFFRACTION95
3.3029-3.36970.40011300.36364680X-RAY DIFFRACTION96
3.3697-3.44220.37491450.35074679X-RAY DIFFRACTION96
3.4422-3.52150.3621570.34374655X-RAY DIFFRACTION97
3.5215-3.60860.36221390.33554714X-RAY DIFFRACTION97
3.6086-3.7050.38121230.32874056X-RAY DIFFRACTION83
3.705-3.81260.32891470.28934698X-RAY DIFFRACTION97
3.8126-3.93390.30381260.2644754X-RAY DIFFRACTION97
3.9339-4.07220.27791420.24154724X-RAY DIFFRACTION98
4.0722-4.23240.29541630.22364752X-RAY DIFFRACTION98
4.2324-4.42110.2541350.19524844X-RAY DIFFRACTION98
4.4211-4.64880.24711600.17094770X-RAY DIFFRACTION98
4.6488-4.9320.20711550.17264806X-RAY DIFFRACTION98
4.932-5.29990.20331390.17324829X-RAY DIFFRACTION98
5.2999-5.810.26311510.19284861X-RAY DIFFRACTION99
5.81-6.59850.24241660.20224870X-RAY DIFFRACTION98
6.5985-8.12760.23531380.18164860X-RAY DIFFRACTION97
8.1276-15.99520.1611480.15054688X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59290.0916-1.54850.4634-0.28551.78390.0549-0.43610.02460.3343-0.15010.04030.1290.1615-0.01890.4835-0.26910.030.5902-0.00920.417690.118451.760442.7613
20.49530.1013-0.93440.0558-0.24631.56160-0.2259-0.06610.16320.0182-0.0149-0.2888-0.205-0.01880.1494-0.14490.0190.4584-0.01250.258589.110748.378628.5626
30.04140.1921-0.20360.0897-0.07150.01950.0864-0.1307-0.00910.2516-0.09190.0509-0.170.2328-0.12770.4053-0.05220.0460.47490.02830.388173.922851.232142.947
40.42240.1413-0.19870.3694-0.31731.1427-0.0946-0.1781-0.50320.0686-0.24960.19230.2017-0.09910.09210.2396-0.08670.04860.36790.08690.326276.630234.612522.2776
51.1193-0.47650.1522.0042-0.61481.06560.24560.30550.2648-0.3588-0.4683-0.5993-0.05050.3626-0.50760.1092-0.0483-0.1070.3097-0.2318-0.037185.561741.2499-7.0652
60.30.1232-0.19910.5779-0.20570.90490.1723-0.0334-0.34840.0637-0.15290.12290.0298-0.10930.03640.329-0.058-0.02330.228-0.00810.25663.103337.627320.3696
71.24690.0595-0.52261.1082-0.14341.88180.053-0.03950.04980.2587-0.04580.04240.31130.1398-0.01350.6088-0.13270.07990.38180.08550.334851.859529.316861.9534
80.04040.1345-0.02540.3975-0.08010.01650.2565-0.0088-0.0583-0.43370.2476-0.61150.02750.4166-0.16241.9286-0.2794-0.31151.6094-0.05471.647341.749849.2833.4578
90.49240.03350.02630.03130.24981.00520.1453-0.13190.09660.5098-0.17740.2060.1576-0.1227-0.00621.2231-0.24230.33780.74040.0030.78934.319532.321390.4496
100.42341.0411-0.01942.79040.96832.16730.2712-0.5496-0.13060.38370.2230.00090.05550.1816-0.13341.4323-0.19230.15271.20310.1560.800645.115933.8153110.3068
110.74330.1059-0.14550.394-0.24170.23580.2375-0.42040.00640.41130.1142-0.0984-0.04450.0317-0.03891.6951-0.22140.30881.1603-0.05910.667445.089135.4282103.6399
122.5855-0.683-2.64460.17780.69652.7041-0.1696-0.8326-0.97520.4946-0.0171-0.05260.78180.42160.05791.11430.14160.21471.31070.34211.02652.002314.38690.8117
131.73290.2587-1.45720.5545-0.28832.24410.0819-0.2431-0.07340.01890.01210.19180.13340.19940.06630.90290.12180.0450.8790.24260.46367.156916.354569.1274
140.3893-0.08180.03120.5350.45161.32570.0884-0.24540.1580.3405-0.24210.040.53310.07780.13640.4622-0.28850.06360.5251-0.14330.792654.828775.072116.863
150.908-0.08750.33941.51090.01030.16850.1742-0.24640.0798-0.14670.208-0.01250.023-0.2562-0.09870.8502-0.1525-0.00551.0811-0.16171.093944.623285.7760.5556
161.1836-0.00190.7831.00750.67661.58030.1949-0.46250.03840.0888-0.1921-0.4336-0.10760.0487-0.02190.3029-0.15920.03380.4493-0.03050.521765.319277.853214.4237
170.56810.03850.21591.006-0.35081.79820.2221-0.6138-0.25610.2003-0.1032-0.0277-0.1057-0.46440.08030.7157-0.0027-0.04720.3666-0.56910.685859.418586.052362.087
181.17450.257-0.54090.76720.52921.8291-0.05320.23320.3896-0.06790.0492-0.2936-0.19860.27950.0310.4007-0.00270.08460.376-0.04670.674387.027894.922513.3589
19-0.0130.0929-0.41510.55910.10041.26080.0493-0.06370.06180.0962-0.05630.0112-0.03010.31590.00880.6897-0.03670.00450.3324-0.19620.602460.5597100.233170.1807
200.85450.4199-0.00060.5827-0.27250.8789-0.0968-0.57320.0560.2644-0.11840.00410.11780.25270.20851.0277-0.0882-0.04420.6847-0.1430.70257.166894.753896.4958
211.03291.1397-0.76823.29870.09810.9625-0.09080.062-0.0947-0.1489-0.06020.79590.0117-0.49630.03761.2594-0.20470.16991.0592-0.31680.769130.869891.4808106.8709
220.3393-0.38141.30982.2499-2.28325.4151-0.0542-0.48390.36120.51420.20970.8147-0.9366-0.9829-0.07930.91420.0826-0.30891.1554-0.16930.987235.326112.118190.4521
231.23950.151-0.65081.2967-0.09944.1085-0.03710.12040.0431-0.01490.1430.0745-0.0807-0.3573-0.06250.94490.0232-0.13140.6846-00.719141.878111.073763.7181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 23:120 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 121:245 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 246:305 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 306:430 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 431:591 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 592:788 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 789:1016 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 1:28 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 29:160 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 161:236 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 237:303 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN G AND (RESID 15:22 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN G AND (RESID 23:48 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 23:92 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 93:152 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 153:275 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 276:347 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 348:747 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESID 748:1016 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 1:160 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESID 161:303 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESID 15:22 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESID 23:49 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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