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- PDB-6jxk: Rb+-bound E2-MgF state of the gastric proton pump (Wild-type) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jxk
タイトルRb+-bound E2-MgF state of the gastric proton pump (Wild-type)
要素(Potassium-transporting ATPase ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / P-type ATPase / proton pump / gastric / ion pump
機能・相同性
機能・相同性情報


H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding ...H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / cell adhesion / apical plasma membrane / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / : / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase ...Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / : / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / : / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / Potassium-transporting ATPase subunit beta / Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Abe, K. / Irie, K. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: A single K + -binding site in the crystal structure of the gastric proton pump.
著者: Yamamoto, K. / Dubey, V. / Irie, K. / Nakanishi, H. / Khandelia, H. / Fujiyoshi, Y. / Abe, K.
履歴
登録2019年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
B: Potassium-transporting ATPase subunit beta
F: Potassium-transporting ATPase subunit beta
E: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,38724
ポリマ－284,3614
非ポリマー3,02720
水00
1
A: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
B: Potassium-transporting ATPase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,25110
ポリマ－142,1802
非ポリマー1,0718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area54660 Å2
手法PISA
2
F: Potassium-transporting ATPase subunit beta
E: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,13614
ポリマ－142,1802
非ポリマー1,95612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area54970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.510, 106.430, 250.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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Potassium-transporting ATPase ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Potassium-transporting ATPase alpha chain 1 / Gastric H(+)/K(+) ATPase subunit alpha / Proton pump


分子量: 109197.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ATP4A / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnT1- / 参照: UniProt: P19156, H+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Potassium-transporting ATPase subunit beta / Gastric H(+)/K(+) ATPase subunit beta


分子量: 32982.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ATP4B / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnT1- / 参照: UniProt: P18434

-
糖 , 1種, 8分子

#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-MF4 / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / MAGNESIUMTETRAFLUORIDE


分子量: 100.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F4Mg
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% glycerol, 15% PEG6000, 0.1M CH3COOK, 6% methylpentanediol, 5 mM beta-mercaptoethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→48 Å / Num. obs: 31390 / % possible obs: 94.94 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 158.44 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.19
反射 シェル解像度: 4.3→4.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 53.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ylu

5ylu


解像度: 4.3→47.79 Å / SU ML: 0.7173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.8419
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3384 1546 4.93 %
Rwork0.2627 --
obs0.2666 31390 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 244.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19623 0 186 0 19809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004220273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.980827586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05383147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.44397452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3-4.440.436680.33891438X-RAY DIFFRACTION50.59
4.44-4.60.37951370.32782732X-RAY DIFFRACTION96.6
4.6-4.780.37151510.30482853X-RAY DIFFRACTION99.77
4.78-50.3261190.28582849X-RAY DIFFRACTION99.93
5-5.260.33611510.27872809X-RAY DIFFRACTION99.8
5.26-5.590.38051730.27982812X-RAY DIFFRACTION99.63
5.59-6.020.351450.26282846X-RAY DIFFRACTION99.83
6.02-6.630.34011310.26982877X-RAY DIFFRACTION99.97
6.63-7.580.32161500.25642838X-RAY DIFFRACTION99.83
7.58-9.540.32521660.24132858X-RAY DIFFRACTION99.93
9.54-47.790.32271550.23722932X-RAY DIFFRACTION98.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 217.7477 Å / Origin y: -32.2571 Å / Origin z: 56.926 Å
111213212223313233
T0.5286 Å20.1481 Å2-0.0181 Å2-0.8586 Å20.1196 Å2--0.4804 Å2
L0.2944 °20.1906 °20.2255 °2-0.4306 °2-0.109 °2--0.6145 °2
S-0.0009 Å °0.5038 Å °-0.1905 Å °-0.0146 Å °0.0015 Å °-0.0215 Å °-0.0665 Å °0.0143 Å °0.0014 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA47 - 1033
2X-RAY DIFFRACTION1allB20 - 290
3X-RAY DIFFRACTION1allF25 - 290
4X-RAY DIFFRACTION1allE47 - 1033
5X-RAY DIFFRACTION1allA1101 - 1106
6X-RAY DIFFRACTION1allB301 - 302
7X-RAY DIFFRACTION1allF301 - 307
8X-RAY DIFFRACTION1allE1101 - 1105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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