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万見
- PDB-6roj: Cryo-EM structure of the activated Drs2p-Cdc50p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6roj
タイトルCryo-EM structure of the activated Drs2p-Cdc50p
要素
  • Cell division control protein 50
  • Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decarboxylase alpha chain
キーワードLIPID TRANSPORT / Lipid Flippase / P-type ATPase / PS Transport.
機能・相同性
機能・相同性情報


oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / aminophospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / Ion transport by P-type ATPases / pyruvate carboxylase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport ...oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / aminophospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / Ion transport by P-type ATPases / pyruvate carboxylase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / endocytic recycling / P-type phospholipid transporter / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipid translocation / pyruvate metabolic process / sodium ion transport / Neutrophil degranulation / gluconeogenesis / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / late endosome membrane / endosome membrane / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit / : / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / CDC50/LEM3 family / HMGL-like / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / Pyruvate carboxyltransferase domain. / P-type ATPase, subfamily IV ...Oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit / : / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / CDC50/LEM3 family / HMGL-like / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / Pyruvate carboxyltransferase domain. / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2Y5 / Oxaloacetate decarboxylase alpha chain / Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit CDC50 / Phospholipid-transporting ATPase DRS2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Timcenko, M. / Lyons, J.A. / Januliene, D. / Ulstrup, J.J. / Dieudonne, T. / Montigny, C. / Ash, M.R. / Karlsen, J.L. / Boesen, T. / Kuhlbrandt, W. ...Timcenko, M. / Lyons, J.A. / Januliene, D. / Ulstrup, J.J. / Dieudonne, T. / Montigny, C. / Ash, M.R. / Karlsen, J.L. / Boesen, T. / Kuhlbrandt, W. / Lenoir, G. / Moeller, A. / Nissen, P.
資金援助 デンマーク, フランス, 6件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research0602-02912B デンマーク
LundbeckfondenR171-2014-663 デンマーク
LundbeckfondenR209-2015-2704 デンマーク
Lundbeckfonden2015-2666 デンマーク
French National Research AgencyANR-14-CE09-0022 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure and autoregulation of a P4-ATPase lipid flippase.
著者: Milena Timcenko / Joseph A Lyons / Dovile Januliene / Jakob J Ulstrup / Thibaud Dieudonné / Cédric Montigny / Miriam-Rose Ash / Jesper Lykkegaard Karlsen / Thomas Boesen / Werner ...著者: Milena Timcenko / Joseph A Lyons / Dovile Januliene / Jakob J Ulstrup / Thibaud Dieudonné / Cédric Montigny / Miriam-Rose Ash / Jesper Lykkegaard Karlsen / Thomas Boesen / Werner Kühlbrandt / Guillaume Lenoir / Arne Moeller / Poul Nissen /
要旨: Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) are lipid flippases that drive the active transport of phospholipids from exoplasmic or luminal leaflets to cytosolic leaflets of eukaryotic membranes. The ...Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) are lipid flippases that drive the active transport of phospholipids from exoplasmic or luminal leaflets to cytosolic leaflets of eukaryotic membranes. The molecular architecture of P4-ATPases and the mechanism through which they recognize and transport lipids have remained unknown. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the P4-ATPase Drs2p-Cdc50p, a Saccharomyces cerevisiae lipid flippase that is specific to phosphatidylserine and phosphatidylethanolamine. Drs2p-Cdc50p is autoinhibited by the C-terminal tail of Drs2p, and activated by the lipid phosphatidylinositol-4-phosphate (PtdIns4P or PI4P). We present three structures that represent the complex in an autoinhibited, an intermediate and a fully activated state. The analysis highlights specific features of P4-ATPases and reveals sites of autoinhibition and PI4P-dependent activation. We also observe a putative lipid translocation pathway in this flippase that involves a conserved PISL motif in transmembrane segment 4 and polar residues of transmembrane segments 2 and 5, in particular Lys1018, in the centre of the lipid bilayer.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4974
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decarboxylase alpha chain
C: Cell division control protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,5257
ポリマ－211,6122
非ポリマー2,9135
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10890 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area58830 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decarboxylase alpha chain


分子量: 164240.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-104 removed after proteolysis with thrombin Residues 1252-1364 removed after proteolysis with thrombin 1248-1253 - added an addition thrombin cleavage site D560 described by ...詳細: Residues 1-104 removed after proteolysis with thrombin Residues 1252-1364 removed after proteolysis with thrombin 1248-1253 - added an addition thrombin cleavage site D560 described by Aspartate beryllium trifluoride (BFD) engineered C-terminal GGGG-LVPRGS-BAD-ta,Residues 1-104 removed after proteolysis with thrombin Residues 1252-1364 removed after proteolysis with thrombin 1248-1253 - added an addition thrombin cleavage site D560 described by Aspartate beryllium trifluoride (BFD) engineered C-terminal GGGG-LVPRGS-BAD-ta
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: DRS2, YAL026C, FUN38, oadA / プラスミド: pYedp60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P39524, UniProt: P13187, P-type phospholipid transporter, oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding)
#2: タンパク質 Cell division control protein 50


分子量: 47371.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: engineered C-terminal GGGG-LVPRGS-GG-10xHistag
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CDC50, YCR094W, YCR94W / プラスミド: pYedp60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P25656

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-2Y5 / (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate / Phosphatidylinositol-4-phosphate / PI4P


分子量: 967.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H84O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
タイプ: COMPLEX
詳細: C-terminus removed by proteolytic cleavage of an engineered site.
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / プラスミド: pYedp60
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 1mM beryllium fluoride 0.1 mg/mL Brain PI4P in DDM
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1047615
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 418512 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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