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- PDB-3wfx: Crystal Structure of the Imidazole-Bound Form of the HGbRL's Glob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfx
タイトルCrystal Structure of the Imidazole-Bound Form of the HGbRL's Globin Domain
要素Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Globin / Signalling / Imidazole
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEXANE-1,6-DIOL / IMIDAZOLE / Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain
類似検索 - 構成要素
生物種Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Teh, A.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Open and Lys-His Hexacoordinated Closed Structures of a Globin with Swapped Proximal and Distal Sites.
著者: Teh, A.H. / Saito, J.A. / Najimudin, N. / Alam, M.
履歴
登録2013年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain
B: Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,20512
ポリマ－33,1252
非ポリマー2,08010
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.580, 44.330, 81.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain


分子量: 16562.338 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Globin Domain, UNP residues 1-133 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
株: V4 / 遺伝子: hmp, Minf_1089 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DUZ1
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 3.5M 1,6-hexanediol, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月19日
放射モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→30 Å / Num. obs: 21708 / % possible obs: 94.31 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 13.89
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique all: 1661 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S1I

3s1i


解像度: 1.94→27.232 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 1086 5 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
all0.1857 21703 --
obs0.1857 21703 94.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 63.28 Å2 / Biso mean: 25.8731 Å2 / Biso min: 7.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→27.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 144 145 2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0273450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.23980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-2.02820.28251410.1982677281899
2.0282-2.13510.28841260.21542395252188
2.1351-2.26890.27771230.21182338246186
2.2689-2.44390.27451400.19532648278897
2.4439-2.68970.24111400.18342674281498
2.6897-3.07840.23971410.18492672281398
3.0784-3.87670.22361390.17432638277796
3.8767-27.23430.19781360.17082575271191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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