PDB-3wfw: Crystal Structure of the Closed Form of the HGbRL's Globin Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wfw

タイトル

Crystal Structure of the Closed Form of the HGbRL's Globin Domain

要素

Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Globin / Signalling / Closed form

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Teh, A.H.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Open and Lys-His Hexacoordinated Closed Structures of a Globin with Swapped Proximal and Distal Sites.
著者: Teh, A.H. / Saito, J.A. / Najimudin, N. / Alam, M.

履歴

登録	2013年7月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3wfxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cb6-3 4iqf-3 6kbq-d 4iqf-1 4hyz-d 4s0o-d 6lik-d 6u9k-d 4ttx-1 6kc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
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ヘモグロビン (Hemoglobin)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain

ヘテロ分子

A: Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.240, 54.400, 44.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-351- HOH
2	1	A-355- HOH
3	1	A-394- HOH

#1: タンパク質	Hemoglobin-like flavoprotein fused to Roadblock/LC7 domain 分子量: 16562.338 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Globin Domain, UNP residues 1-133 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylacidiphilum infernorum (バクテリア) 株: V4 / 遺伝子: hmp, Minf_1089 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DUZ1
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl, 0.2M (NH4)2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月23日
放射	モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 38021 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 22.01
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 10.96 / Num. unique all: 1192 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→27.514 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU ML: 0.11 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1689	841	5 %	Random
R_work	0.151	-	-	-
all	0.1519	16812	-	-
obs	0.1519	16812	89.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.65 Å² / B_iso mean: 19.6599 Å² / B_iso min: 7.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.514 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1166	0	59	130	1355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1339
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.882	517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	224

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.7534	0.1619	135	0.1462	2566	2701	87
1.7534-1.8888	0.2019	139	0.1503	2635	2774	89
1.8888-2.0788	0.1731	138	0.1512	2619	2757	89
2.0788-2.3794	0.1822	141	0.1435	2680	2821	90
2.3794-2.9972	0.1658	140	0.1614	2676	2816	90
2.9972-27.5182	0.1582	148	0.1493	2795	2943	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2442	1.2741	1.1732	9.0719	-4.0335	5.7037	-0.3945	0.645	0.1695	-0.4698	0.3581	0.4377	0.1481	-0.5352	0.0469	0.1315	-0.0234	0.007	0.2292	-0.0185	0.1259	23.552	-3.7136	32.9065
2	3.2802	3.2326	3.4893	6.601	4.8737	4.3575	-0.1738	-0.4429	0.5328	0.4781	0.1239	-0.2997	-0.0806	0.1032	0.0087	0.1793	0.0137	0.0108	0.1333	0.0148	0.1646	16.0772	-2.4179	31.4978
3	4.5091	2.4993	3.5419	3.5045	-1.0659	8.2	0.3087	-0.6599	-0.393	0.1921	0.0527	0.4594	0.4419	-0.7632	-0.2697	0.168	-0.0085	0.0171	0.1725	0.0295	0.1452	5.6891	-4.5757	28.7587
4	5.9569	0.5396	0.1096	6.7849	-5.2931	4.2931	-0.0962	-0.146	-0.4421	0.0902	0.1612	0.206	-0.0243	-0.4809	-0.0878	0.0821	0.0117	0.0041	0.1404	-0.0192	0.1491	-0.5506	-2.1616	21.6397
5	7.1137	-1.0081	-0.9867	7.7204	1.8185	8.5991	0.0461	0.4676	0.2779	-0.2516	-0.0055	0.0223	-0.3382	0.0081	-0.0471	0.0942	-0.0129	-0.0231	0.0875	0.0205	0.1061	2.4354	5.5577	11.2292
6	7.6616	-1.3473	3.4861	9.7353	2.4937	5.8402	-0.0733	0.2141	0.1469	-0.3951	-0.1152	-0.3803	-0.3277	-0.0855	0.2083	0.1226	-0.0002	-0.0133	0.2269	0.0227	0.0848	3.369	2.793	2.6544
7	7.9331	4.9183	3.0795	3.1585	1.2004	7.9234	0.0003	0.4264	-0.8491	0.0445	0.0654	0.053	0.4691	-0.5583	-0.0329	0.1295	-0.0169	-0.0236	0.2148	-0.0141	0.2353	-2.7828	-5.0174	7.9892
8	8.9921	4.6046	4.8449	5.7248	4.3323	8.424	0.118	-0.1944	-0.361	0.0911	-0.0217	0.4646	0.2062	-0.4639	-0.0939	0.1067	-0.0036	0.0003	0.0865	0.014	0.1613	5.7499	-6.146	16.3322
9	8.3643	-1.509	5.9197	6.4819	-0.9755	5.7551	0.0288	0.4482	0.2114	-0.3923	-0.0427	-0.0832	0.122	0.2699	-0.0114	0.1427	-0.0164	0.0213	0.0689	0.0041	0.0989	17.0499	-8.2761	19.6716
10	4.8591	1.7404	6.7987	2.4213	1.8744	9.6733	0.3281	-0.2497	-0.9713	0.0566	0.1056	0.0177	0.2206	-0.2429	-0.4354	0.1378	-0.015	0.0104	0.1116	0.0378	0.193	26.6094	-10.7224	28.2644
11	6.2978	0.0516	0.451	6.3195	-3.9378	8.1194	0.0677	-0.6378	-0.6978	-0.0771	-0.0627	-0.1403	0.325	-0.3905	0.0321	0.1173	-0.0251	0.0135	0.1599	0.0586	0.1566	35.7581	-10.3967	36.4211
12	8.1329	-5.118	-2.1026	8.0508	1.9886	7.2884	-0.0891	-0.7331	-0.0227	0.1803	0.142	-0.3741	0.0182	0.133	-0.0311	0.1029	0.0113	-0.0007	0.2738	0.0178	0.0926	41.7335	-4.4662	40.876
13	5.2882	3.1649	1.1406	7.765	-5.201	6.5499	-0.0726	-0.4693	0.2966	0.2874	0.1975	0.0328	-0.3439	0.1074	-0.1095	0.1247	0.0353	0.0101	0.1368	-0.0638	0.1643	41.0065	4.4467	36.2003
14	5.5931	3.4504	-0.7236	5.4295	-4.8856	8.2779	0.087	-0.0871	0.6435	0.0366	-0.0528	0.2843	-0.2579	-0.0788	-0.0545	0.1046	-0.0008	-0.0084	0.0504	-0.0017	0.1658	45.4539	6.3608	26.1528
15	2.6865	-2.9746	-1.5412	7.3517	-3.505	7.697	-0.1764	0.3669	0.1823	-0.3694	-0.0841	-0.2165	-0.0719	0.4952	0.2247	0.135	-0.0363	-0.0251	0.09	0.0297	0.1688	49.5695	6.4438	18.8669
16	9.4707	-0.6936	-2.1237	2.9957	-2.3884	2.6874	0.4097	1.6613	0.4441	-0.8867	-0.5581	0.0078	-0.1799	0.2627	0.1574	0.2334	0.035	0.0021	0.3223	0.0675	0.2166	47.1471	6.6693	12.0012
17	2.0205	1.4951	-1.5808	4.7938	-4.3099	3.8504	-0.0163	-0.0732	0.15	0.0035	0.1548	-0.0453	-0.1741	0.1852	-0.1581	0.1399	-0.0102	-0.0128	0.0813	0.0011	0.1656	37.5837	6.143	16.9287
18	6.7862	4.8361	-3.713	3.6624	-3.7245	8.9416	0.0316	-0.0264	0.2397	0.0642	0.1606	0.0853	-0.2285	-0.1929	-0.1552	0.1008	0.0158	0	0.0527	0.0045	0.1258	33.9906	0.3428	29.6498
19	9.3315	1.0462	4.8879	6.0236	-2.2948	3.9642	0.2025	-1.0768	-0.2515	0.1092	-0.1652	0.0089	-0.0483	-0.4816	-0.0081	0.1473	-0.0023	0.0037	0.2613	-0.0022	0.1463	31.9684	-1.953	39.274
20	2.001	2.1162	9.8295	6.7224	2.4708	9.6853	-0.6947	-0.0147	-0.1861	-0.4291	-0.5626	0.0563	-0.6976	-0.5238	1.0544	0.5237	0.0186	0.1933	0.5303	-0.0661	0.2834	32.9491	-3.5316	46.6055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)	A	1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:12)	A	5 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 13:18)	A	13 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 19:26)	A	19 - 26
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 27:35)	A	27 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 36:41)	A	36 - 41
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 42:48)	A	42 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 49:57)	A	49 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 58:64)	A	58 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 65:74)	A	65 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 75:80)	A	75 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 81:88)	A	81 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 89:93)	A	89 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 94:100)	A	94 - 100
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 101:105)	A	101 - 105
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 106:110)	A	106 - 110
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 111:120)	A	111 - 120
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 121:129)	A	121 - 129
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 130:134)	A	130 - 134
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 135:138)	A	135 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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