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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5cb6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of adenosine-5'-phosphosulfate kinase | ||||||
Components | Probable adenylyl-sulfate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Synechocystis / sulfur metabolism / enzyme / kinase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.79 Å | ||||||
Authors | Herrmann, J. / Jez, J.M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015Title: Recapitulating the Structural Evolution of Redox Regulation in Adenosine 5'-Phosphosulfate Kinase from Cyanobacteria to Plants. Authors: Herrmann, J. / Nathin, D. / Lee, S.G. / Sun, T. / Jez, J.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5cb6.cif.gz | 436.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5cb6.ent.gz | 360.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5cb6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5cb6_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5cb6_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
| Data in XML | 5cb6_validation.xml.gz | 43.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5cb6_validation.cif.gz | 55.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cb6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5cb8C ![]() 4fxpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 21872.799 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: PCC 6803 / Kazusa / Gene: cysC, slr0676 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 109 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-ADX / #3: Chemical | ChemComp-ANP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.29 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% PEG 8000, 5 mM adenosine-5'-phosphosulfate, 5 mM beta, gamma-imidoadenosine-5'-triphosphate PH range: 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.786→40.4 Å / Num. obs: 37195 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 14.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.79→2.84 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4FXP Resolution: 2.79→40.34 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.61 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.79→40.34 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation











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