PDB-2bwj: Structure of adenylate kinase 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bwj

タイトル

Structure of adenylate kinase 5

要素

ADENYLATE KINASE 5

キーワード

TRANSFERASE / ADENYLATE KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER REACTION

機能・相同性

機能・相同性情報

dADP biosynthetic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / AMP kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bunkoczi, G. / Filippakopoulos, P. / Fedorov, O. / Jansson, A. / Longman, E. / Ugochukwu, E. / Knapp, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Adenylate Kinase 5
著者: Filippakopoulos, P. / Bunkoczi, G. / Jansson, A. / Longman, E. / Knapp, S.

履歴

登録	2005年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bwj.cif.gz	241.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bwj.ent.gz	195.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/2bwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/2bwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ycb-d 5rxh-d 3lxs-d 2oz2-d 2q52-d 3iug-d 1lqw-d 6h1z-d 2hio-d 5rxj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ADENYLATE KINASE 5

B: ADENYLATE KINASE 5

C: ADENYLATE KINASE 5

D: ADENYLATE KINASE 5

E: ADENYLATE KINASE 5

F: ADENYLATE KINASE 5

ヘテロ分子

135 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADENYLATE KINASE 5

B: ADENYLATE KINASE 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ADENYLATE KINASE 5

F: ADENYLATE KINASE 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: ADENYLATE KINASE 5

E: ADENYLATE KINASE 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.375, 180.375, 121.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	3 - 11
2	1	1	5	B	3 - 11
3	1	1	5	C	3 - 11
4	1	1	5	D	3 - 11
5	1	1	5	F	3 - 11
1	1	2	5	A	11 - 198
2	1	2	5	B	11 - 198
3	1	2	5	C	11 - 198
4	1	2	5	D	11 - 198
5	1	2	5	E	11 - 198
6	1	2	5	F	11 - 198

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.41984, -0.90519, 0.06603), (-0.90563, 0.41303, -0.09609), (0.05971, -0.10014, -0.99318)	147.22264, 93.15382, -2.42559
2	given	(-0.57113, -0.24643, 0.78299), (0.23157, 0.86676, 0.44171), (-0.78752, 0.43359, -0.43797)	148.4165, 17.35153, 81.46748
3	given	(0.36442, -0.91428, 0.1769), (-0.16426, -0.2501, -0.95418), (0.91663, 0.31866, -0.24132)	106.4955, 17.93164, -74.65356
4	given	(0.60795, -0.79353, -0.02653), (0.21803, 0.13472, 0.9666), (-0.76346, -0.59343, 0.25491)	81.50393, -25.39286, 97.05065
5	given	(0.56054, 0.27703, -0.78041), (-0.82652, 0.1285, -0.54804), (-0.05154, 0.95223, 0.301)	34.93513, 128.80684, 4.32571

#1: タンパク質	ADENYLATE KINASE 5 / ATP-AMP / TRANSPHOSPHORYLASE5 分子量: 22176.564 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PLIC-SGC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6K8, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 135 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 135 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 135 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 135 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 135 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 135 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ARG 135 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ARG 135 TO MET
配列の詳細	RESIDUE 1 REMAINS FROM HIS-TAG AFTER TEV CLEAVAGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.7 % / 解説: NCS AVERAGING DONE WITH DM.
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES PH7.5, 0.1M NACL, 1.6M (NH4)2SO4, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.15 Å / Num. obs: 7913 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.53
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 63.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 9.839 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	4454	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	84202	88.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.58 Å²	0.79 Å²	0 Å²
2-	-	1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8699	0	101	460	9260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	2.006	12118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.776	3	19333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.207	5	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.9	24.344	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.562	15	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.986	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	8151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5364
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.221	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.947	3	5918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.156	5	9260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.456	8	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.69	11	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	41	medium positional	0.32	0.5
1	2	B	41	medium positional	0.26	0.5
1	3	C	41	medium positional	0.19	0.5
1	4	D	41	medium positional	0.22	0.5
1	5	F	41	medium positional	0.31	0.5
2	1	A	1083	medium positional	0.38	0.5
2	2	B	1083	medium positional	0.67	0.5
2	3	C	1083	medium positional	0.33	0.5
2	4	D	1083	medium positional	0.3	0.5
2	5	E	1083	medium positional	0.42	0.5
2	6	F	1083	medium positional	0.41	0.5
1	1	A	22	loose positional	0.61	5
1	2	B	22	loose positional	0.54	5
1	3	C	22	loose positional	0.68	5
1	4	D	22	loose positional	0.7	5
1	5	F	22	loose positional	0.76	5
2	1	A	1390	loose positional	0.78	5
2	2	B	1390	loose positional	1.09	5
2	3	C	1390	loose positional	0.69	5
2	4	D	1390	loose positional	0.89	5
2	5	E	1390	loose positional	0.94	5
2	6	F	1390	loose positional	0.74	5
1	1	A	41	medium thermal	1.4	2
1	2	B	41	medium thermal	0.76	2
1	3	C	41	medium thermal	0.77	2
1	4	D	41	medium thermal	0.36	2
1	5	F	41	medium thermal	0.8	2
2	1	A	1083	medium thermal	1.16	2
2	2	B	1083	medium thermal	1.15	2
2	3	C	1083	medium thermal	0.92	2
2	4	D	1083	medium thermal	0.64	2
2	5	E	1083	medium thermal	0.85	2
2	6	F	1083	medium thermal	0.97	2
1	1	A	22	loose thermal	3.12	10
1	2	B	22	loose thermal	1.29	10
1	3	C	22	loose thermal	1.7	10
1	4	D	22	loose thermal	1.51	10
1	5	F	22	loose thermal	1.78	10
2	1	A	1390	loose thermal	3.19	10
2	2	B	1390	loose thermal	3.37	10
2	3	C	1390	loose thermal	2.75	10
2	4	D	1390	loose thermal	3.16	10
2	5	E	1390	loose thermal	2.75	10
2	6	F	1390	loose thermal	2.86	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.287	191
R_work	0.212	3381

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0925	1.9185	-0.9002	4.6562	-2.0684	2.761	-0.2805	0.1237	-0.1498	-0.3223	0.1286	0.1495	0.5003	-0.1659	0.1519	-0.0056	-0.1261	0.0168	-0.2318	-0.0102	-0.4151	85.2103	3.495	19.4133
2	1.5424	-0.2022	-1.253	1.6874	-1.7813	4.8891	-0.0818	0.1785	-0.0508	-0.4227	0.0424	-0.069	0.7411	-0.2401	0.0394	0.0976	-0.1571	-0.0175	-0.2118	-0.0093	-0.3584	88.3755	3.3077	3.7512
3	0.9709	-0.1554	0.163	6.2276	0.1327	4.6737	-0.4306	0.0923	0.3079	-0.8962	0.2736	-0.0784	-0.0176	-0.2866	0.157	-0.0214	-0.1773	-0.0673	-0.1456	0.0388	-0.2656	81.4292	9.2846	12.5155
4	3.7244	0.4957	-0.2878	1.6335	-0.3574	0.9438	0.0495	-0.137	0.0817	-0.0113	-0.0618	0.0039	-0.0377	-0.0269	0.0122	-0.0978	-0.0565	-0.0514	-0.3219	0.0019	-0.4031	97.7267	17.265	18.907
5	5.1537	0.9865	0.2366	2.2617	-0.3235	2.183	0.2017	-0.4712	0.0495	0.2993	-0.2073	0.1185	0.0617	-0.0377	0.0056	-0.064	-0.0907	0.0034	-0.2205	0.0193	-0.3912	88.1953	7.8607	30.6773
6	9.7209	1.8409	1.7277	2.9199	0.964	6.1919	-0.2827	0.2779	0.5497	-0.0801	0.1863	-0.4916	-0.6814	0.7533	0.0963	0.0365	-0.136	-0.0118	-0.1062	0.0143	-0.3308	109.1066	14.7966	-17.6554
7	2.0099	-0.0068	-1.5046	2.4374	0.3015	7.2146	-0.1947	0.0551	-0.0643	0.0494	0.1486	-0.0605	0.291	0.6038	0.0461	-0.1233	-0.0722	-0.0551	-0.2496	-0.0142	-0.3114	107.5712	14.3896	-0.9282
8	6.4725	-0.459	-1.7865	3.7222	1.6727	8.86	-0.0606	-0.1485	0.4667	-0.1405	0.241	-0.0693	-0.7975	0.3303	-0.1803	0.0063	-0.1734	-0.0271	-0.2185	0.0254	-0.332	105.7202	22.2459	-10.506
9	2.6746	1.8757	-0.7133	5.6232	-0.3644	4.1238	0.0043	0.0807	0.0357	0.1842	-0.0396	0.2661	0.0084	-0.4653	0.0353	-0.0566	-0.0588	-0.0092	-0.1621	0.0065	-0.3732	91.9257	9.9842	-17.4915
10	2.9246	-0.4306	1.5832	5.624	4.3351	6.8125	0.0006	0.484	0.3955	-0.6586	0.2364	-0.332	-0.7148	0.6085	-0.237	0.0767	-0.1905	0.0569	-0.1679	0.0225	-0.3291	104.6288	13.5056	-28.3399
11	4.2079	0.1287	0.0472	7.3867	-1.4418	4.6869	0.0231	0.1962	-0.4942	0.2401	-0.383	-1.3513	0.4023	0.773	0.3599	-0.2122	-0.0573	-0.1072	0.0991	0.083	0.1165	113.5135	50.1654	5.7211
12	3.0269	1.2608	-0.8886	4.9841	-1.3315	4.4544	-0.3964	-0.0452	-0.337	0.0309	-0.0151	-0.4064	0.2805	0.2731	0.4115	-0.1186	0.0307	-0.1154	-0.2172	-0.0385	-0.1894	99.9783	42.2982	11.688
13	5.6556	-1.488	-2.5065	5.8365	-0.1706	7.4299	-0.1922	-0.3994	-0.3108	0.5652	-0.1645	-0.7425	-0.3312	0.6717	0.3567	-0.1174	-0.0804	-0.2439	-0.0528	0.0594	-0.0393	108.864	49.9476	16.3234
14	4.5224	-0.6105	2.8325	1.6519	-0.9114	5.1807	0.0021	-0.0307	0.1241	0.2473	-0.073	-0.3863	-0.3526	0.2702	0.0709	-0.1199	-0.074	-0.1132	-0.1435	0.0183	-0.1702	102.9849	63.2848	3.4752
15	7.9359	0.1725	-0.5558	7.7309	0.8903	3.5297	-0.1379	0.4533	-0.1036	0.0303	-0.3918	-1.5662	-0.0442	1.1913	0.5297	-0.1704	-0.154	-0.0436	0.3363	0.1557	0.3862	119.6998	58.7267	1.6787
16	2.9387	-0.4294	3.5697	3.0199	-2.621	7.4368	0.0285	1.3015	-0.0944	-1.6108	0.252	-0.6443	1.017	0.7312	-0.2805	1.0941	0.136	0.0555	0.2502	-0.0365	0.4917	137.8651	-17.0056	2.3528
17	5.9935	-3.526	0.0507	13.1377	3.0815	6.8238	0.4277	0.0541	0.0707	-1.1573	-0.0078	-1.0828	0.6968	-0.0086	-0.4199	0.3327	-0.0207	-0.0613	0.0909	0.1593	0.2775	135.9537	-0.3967	6.7678
18	4.2292	-0.0555	1.1667	8.984	1.5557	0.5966	-0.4399	0.2953	0.9735	-2.0865	0.3621	0.3014	1.7922	-0.2209	0.0778	1.0643	-0.1012	-0.2814	0.4659	0.0792	0.4148	130.0518	-9.7219	0.3464
19	4.349	-0.2245	2.4498	4.5543	-3.606	12.264	-0.0272	0.2967	-0.2177	-0.8589	0.2862	0.3102	0.7877	-0.7238	-0.259	0.5017	0.0287	-0.1828	-0.1642	0.095	0.4432	129.9095	-20.4941	16.4893
20	6.4332	1.7025	-5.2826	5.8166	-3.5125	7.953	0.4322	0.674	-0.5827	-1.2546	0.5339	0.0475	2.0909	0.3245	-0.9661	1.3465	0.2126	-0.0668	0.1309	-0.1167	0.653	136.966	-28.5296	2.8423
21	4.8303	-0.5308	1.1288	5.1145	-0.9921	5.7643	-0.0884	-0.931	0.1378	0.9757	-0.0093	-0.6098	-0.4696	0.5345	0.0977	0.0628	-0.0673	-0.2761	-0.0432	-0.0098	0.0902	131.1464	14.9541	32.3223
22	3.0286	-0.1947	-0.343	11.4392	2.1744	2.5396	-0.2127	-0.2368	-0.2846	0.4965	0.2072	-0.372	0.6653	0.3558	0.0056	0.0926	0.0807	-0.2036	-0.0786	0.1789	0.1593	132.2819	-2.197	28.5923
23	11.0195	-0.0073	3.416	4.8861	-0.1579	5.5105	0.0426	-0.1559	-0.6563	0.8423	0.2541	-0.0926	0.5809	0.2019	-0.2967	0.1376	-0.001	-0.1601	-0.0679	0.1146	-0.0259	123.0878	5.2649	32.5229
24	5.5472	0.7008	-0.9202	3.4875	-0.7256	6.0429	-0.2084	0.1069	0.0648	-0.0754	0.0269	-0.7438	-0.1252	0.2397	0.1815	-0.1491	-0.0449	-0.0752	-0.2836	0.0663	-0.0108	126.7108	16.6071	17.0654
25	6.9558	1.9191	1.2882	5.2879	-2.1656	8.0757	-0.1759	-0.7161	0.8103	1.0379	-0.036	-0.709	-1.0442	0.1531	0.2119	0.3462	-0.0185	-0.2703	-0.0945	-0.1372	0.1559	128.4873	24.9929	32.4118
26	7.1542	-1.8537	2.3216	5.7859	-1.3114	5.1637	-0.1112	0.4522	0.4448	-0.3302	0.028	0.6223	-0.2439	-0.9456	0.0833	-0.1845	-0.0057	-0.0783	0.116	0.0145	-0.1509	68.6911	46.4724	10.0677
27	5.3171	2.2985	-1.2984	2.9542	-0.1684	2.4491	-0.1751	0.4774	0.408	-0.2129	0.281	0.2432	-0.0383	-0.3606	-0.1059	-0.1337	0.0534	-0.1146	-0.0972	0.0211	-0.2525	82.7853	54.3001	3.7947
28	1.9817	-0.3899	-3.1626	3.4612	0.7366	5.6605	0.1217	0.3474	0.6697	0.0369	0.1279	0.449	-0.2995	-0.3297	-0.2497	-0.1649	0.12	-0.0875	-0.0423	0.0454	-0.074	73.3291	55.4404	12.5224
29	1.907	-1.8525	0.2373	3.7365	0.0749	1.7298	-0.0441	-0.0975	0.0446	0.1435	0.0868	0.197	-0.0802	-0.3148	-0.0427	-0.1451	-0.0268	-0.0124	-0.1836	-0.0281	-0.2897	79.5787	39.9434	21.5663
30	2.9248	0.1848	1.5785	3.029	-0.1884	6.5829	-0.0201	0.0253	-0.3264	-0.1395	0.32	1.1014	0.352	-1.6004	-0.2999	-0.2029	-0.1375	-0.0271	0.2932	-0.0003	0.0979	62.7682	39.3581	16.7969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	172 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4 - 34
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	35 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	90 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	114 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	172 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	5 - 34
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	35 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	90 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	114 - 171
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	172 - 197
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	5 - 34
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	35 - 89
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	90 - 113
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	114 - 171
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	172 - 196
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	8 - 34
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	35 - 89
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	90 - 113
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	114 - 171
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	172 - 197
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	5 - 34
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	35 - 89
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	90 - 113
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	114 - 171
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	172 - 198

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)