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万見
- PDB-3wbz: Crystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wbz
タイトルCrystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) with ATP
要素Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.392 Å
データ登録者Nakamura, A. / Nemoto, T. / Sonoda, T. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis of reverse nucleotide polymerization
著者: Nakamura, A. / Nemoto, T. / Heinemann, I.U. / Yamashita, K. / Sonoda, T. / Komoda, K. / Tanaka, I. / Soll, D. / Yao, M.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Other
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
B: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
C: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
D: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
E: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
F: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
G: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
H: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,21248
ポリマ－261,5148
非ポリマー8,69840
水6,575365
1
A: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
B: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
C: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
D: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,10624
ポリマ－130,7574
非ポリマー4,34920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18420 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA
2
E: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
F: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
G: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
H: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,10624
ポリマ－130,7574
非ポリマー4,34920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18420 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area46580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.830, 217.870, 87.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase


分子量: 32689.248 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: CaO19.7063, CAWG_05412, orf19.7063, THG1 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5AFK5, tRNAHis guanylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Bis-Tris propan, NaNO3, PEG3350, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44.008 Å / Num. obs: 97820 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 52.468 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 23.93
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.39-2.540.3480.2595.195144016208145470.30689.8
2.54-2.710.210.17885891515256151910.20699.6
2.71-2.930.1260.10912.335474614152140820.12799.5
2.93-3.210.0690.06519.35033113083129940.07599.3
3.21-3.580.0350.03730.224518911856117640.04399.2
3.58-4.130.0220.02641.243947410453103700.0399.2
4.13-5.050.0170.02348.5733111884387810.02799.3
5.05-7.090.0170.02349.425737689168440.02799.3
7.090.0120.01852.811542394832460.02182.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BSSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OTE

3ote


解像度: 2.392→42.259 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8504 / SU ML: 0.26 / 位相誤差: 22.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 3528 3.61 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1773 97819 97.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.1 Å2 / Biso mean: 49.2137 Å2 / Biso min: 15.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.392→42.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17474 0 520 365 18359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26125081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7356971
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.392-2.42480.2371160.22752715283170
2.4248-2.45940.26571200.21673508362893
2.4594-2.49620.26391680.21713844401298
2.4962-2.53520.27791270.216637993926100
2.5352-2.57670.27131490.227338794028100
2.5767-2.62110.28411480.221138433991100
2.6211-2.66880.2691630.202838323995100
2.6688-2.72010.27341510.213238433994100
2.7201-2.77560.25231450.204238774022100
2.7756-2.8360.26911250.199538243949100
2.836-2.90190.22961310.203439014032100
2.9019-2.97450.2531560.20623846400299
2.9745-3.05490.25171460.2083799394599
3.0549-3.14470.28351510.215338534004100
3.1447-3.24620.21661540.20143879403399
3.2462-3.36220.24981340.19493825395999
3.3622-3.49670.17611310.17813864399599
3.4967-3.65580.2141360.17423865400199
3.6558-3.84840.17031320.16663846397899
3.8484-4.08940.19151430.1593862400599
4.0894-4.40480.19331560.14813870402699
4.4048-4.84750.16281570.135338373994100
4.8475-5.54760.16931420.149938724014100
5.5476-6.98430.18871300.170838984028100
6.9843-42.26580.17381170.15933301341884
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85850.4014-0.40890.7352-0.33971.33460.04550.0057-0.03860.11170.01640.1635-0.0557-0.1202-0.0450.15430.02360.02690.2370.01350.3691-9.802519.493528.3513
21.56050.1450.41770.6395-0.07421.12320.11050.0792-0.22390.1317-0.0038-0.10220.0730.1232-0.09790.1795-0.0015-0.06040.2505-0.01730.299620.696921.313132.611
30.8051-0.4124-0.07921.68670.11871.4915-0.1020.11910.0184-0.20650.13610.2776-0.3797-0.0181-0.01950.3375-0.0505-0.07930.29380.0260.35032.743647.1035-5.7224
40.5355-0.416-0.40391.8524-0.03661.7225-0.06050.059-0.0744-0.32230.0637-0.09830.05720.52070.020.2221-0.0051-0.02660.4744-0.06890.307519.13622.3047-12.3471
51.27770.07290.37381.6586-0.27441.05490.02240.0131-0.04850.44090.04190.4376-0.1915-0.1273-0.03460.39560.01930.16310.2426-0.00990.345311.963670.138144.2087
61.82280.48040.4341.4368-0.04190.8627-0.0263-0.05810.0870.486-0.03-0.1909-0.1230.26210.03130.5578-0.077-0.0430.3586-0.01130.281638.437883.51850.2034
71.4578-0.28530.10651.09990.09311.0019-0.11360.12550.2854-0.33020.1040.2731-0.5015-0.11490.00850.75010.0426-0.0520.41990.09930.439912.7067100.815410.7959
81.2931-0.4163-0.16661.2133-0.34171.80270.02290.21730.1214-0.2581-0.0302-0.1823-0.38560.6777-0.00350.5122-0.1590.08340.69010.02850.292738.557586.07665.1593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA0
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB0
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC0
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD0
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE0
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF0
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG0
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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