PDB-3ote: Crystal structure of human tRNAHis guanylyltransferase (Thg1)- Na...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ote

タイトル

Crystal structure of human tRNAHis guanylyltransferase (Thg1)- Native I

要素

tRNA(His) guanylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / guanylyltransferase / polymerase-like palm domain / catalytic carboxylates

機能・相同性

機能・相同性情報

stress-induced mitochondrial fusion / tRNAHis guanylyltransferase / tRNA guanylyltransferase activity / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / mitochondrial fusion / tRNA processing / nucleotidyltransferase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Hyde, S.J. / Eckenroth, B.E. / Doublie, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: tRNAHis guanylyltransferase (THG1), a unique 3'-5' nucleotidyl transferase, shares unexpected structural homology with canonical 5'-3' DNA polymerases.
著者: Hyde, S.J. / Eckenroth, B.E. / Smith, B.A. / Eberley, W.A. / Heintz, N.H. / Jackman, J.E. / Doublie, S.

履歴

登録	2010年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ote.cif.gz	110.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ote.ent.gz	85.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ote.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ote ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ote	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3otbC 3otcC 3otdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3otd-1 3otb-1 7cv1-d 5xox-1 3equ-d 2wln-2 3wc0-3 2wln-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA(His) guanylyltransferase

B: tRNA(His) guanylyltransferase

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA(His) guanylyltransferase

B: tRNA(His) guanylyltransferase

A: tRNA(His) guanylyltransferase

B: tRNA(His) guanylyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.571, 140.571, 80.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-340- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: chain A,B, using restrain)

詳細

The biological unit is a tetramer generated from the dimer in the asymetric unit by the operation: Y, X, -Z+1

#1: タンパク質	tRNA(His) guanylyltransferase / tRNA-histidine guanylyltransferase / Interphase cytoplasmic foci protein 45 分子量: 31628.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: KATO III / 遺伝子: ICF45, THG1L / プラスミド: pME182-FL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS 参照: UniProt: Q9NWX6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

tRNA(His) guanylyltransferase / tRNA-histidine guanylyltransferase / Interphase cytoplasmic foci protein 45

分子量: 31628.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: KATO III / 遺伝子: ICF45, THG1L / プラスミド: pME182-FL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q9NWX6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, MgSO4, pH 7.5, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 104 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月6日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.56→15 Å / Num. obs: 26646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 1.042 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.56-2.65	6.3	0.746	2599	1	1	100
2.65-2.76	6.5	0.578	2629	1.051	1	100
2.76-2.88	6.6	0.459	2620	1.096	1	100
2.88-3.03	6.7	0.342	2611	1.079	1	100
3.03-3.22	6.9	0.255	2641	1.056	1	100
3.22-3.47	7	0.154	2651	0.993	1	100
3.47-3.81	7.1	0.112	2652	1.083	1	100
3.81-4.35	7.1	0.083	2676	1.008	1	99.9
4.35-5.44	7.1	0.069	2730	1.025	1	100
5.44-15	6.8	0.046	2837	1.031	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.56→15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8172 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2627	2635	9.9 %
R_work	0.2307	-	-
obs	-	26512	99.9 %

溶媒の処理

B_sol: 27.2698 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.92 Å² / B_iso mean: 42.7168 Å² / B_iso min: 13.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.598 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.598 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.197 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3998	0	0	82	4080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.222
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.211	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.862	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.069	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.933	2.5

Refine LS restraints NCS

Rms: 0.062 / タイプ: restrain / Weight: 100

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.56-2.58	0.4126	46	0.3882	472	518
2.58-2.59	0.3609	48	0.3465	477	525
2.59-2.61	0.3132	61	0.3302	483	544
2.61-2.63	0.4057	40	0.2793	444	484
2.63-2.65	0.3358	57	0.2939	485	542
2.65-2.67	0.2976	49	0.2797	447	496
2.67-2.69	0.3496	62	0.2904	466	528
2.69-2.71	0.3283	60	0.2825	465	525
2.71-2.73	0.2255	39	0.2702	477	516
2.73-2.76	0.3521	51	0.3088	488	539
2.76-2.78	0.3792	47	0.3082	465	512
2.78-2.8	0.3527	54	0.2859	464	518
2.8-2.83	0.3275	41	0.2936	470	511
2.83-2.85	0.3345	53	0.2982	483	536
2.85-2.88	0.3108	49	0.2846	476	525
2.88-2.91	0.3162	52	0.2661	463	515
2.91-2.94	0.3639	51	0.2799	473	524
2.94-2.97	0.3299	53	0.2913	467	520
2.97-3	0.3353	67	0.3008	467	534
3-3.03	0.3703	49	0.2669	453	502
3.03-3.07	0.3647	51	0.2747	488	539
3.07-3.1	0.2858	60	0.2329	461	521
3.1-3.14	0.3313	51	0.2815	466	517
3.14-3.18	0.3132	60	0.281	482	542
3.18-3.22	0.2971	51	0.2864	465	516
3.22-3.26	0.3155	56	0.2788	475	531
3.26-3.31	0.3261	54	0.2608	476	530
3.31-3.36	0.2877	55	0.2434	463	518
3.36-3.41	0.2419	54	0.2383	476	530
3.41-3.47	0.2362	44	0.2407	485	529
3.47-3.52	0.2531	45	0.2317	495	540
3.52-3.59	0.2509	51	0.2514	456	507
3.59-3.66	0.2748	57	0.2417	472	529
3.66-3.73	0.2614	64	0.2344	469	533
3.73-3.81	0.2625	55	0.2314	475	530
3.81-3.9	0.2427	56	0.232	491	547
3.9-3.99	0.315	64	0.2125	454	518
3.99-4.1	0.1919	53	0.1893	477	530
4.1-4.22	0.2197	56	0.2041	482	538
4.22-4.35	0.2389	56	0.1969	473	529
4.35-4.5	0.15	60	0.1652	494	554
4.5-4.68	0.218	37	0.1781	487	524
4.68-4.88	0.1903	45	0.1879	497	542
4.88-5.13	0.2528	46	0.1969	501	547
5.13-5.44	0.2328	55	0.1873	491	546
5.44-5.83	0.2783	57	0.2362	493	550
5.83-6.38	0.2531	38	0.2289	500	538
6.38-7.21	0.2402	64	0.2245	500	564
7.21-8.77	0.2188	49	0.1761	516	565
8.77-15	0.133	62	0.1367	532	594

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top

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関連情報:EMDBヘッダ

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