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Yorodumi- PDB-3foz: Structure of E. coli Isopentenyl-tRNA transferase in complex with... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3foz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of E. coli Isopentenyl-tRNA transferase in complex with E. coli tRNA(Phe) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/RNA / tRNA / nucleoside modification / isopentenyl-tRNA transferase / MiaA / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of cytoplasmic translation in response to stress / tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / cellular response to heat / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Seif, E. / Hallberg, B.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009Title: RNA-Protein Mutually Induced Fit: STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ISOPENTENYL-tRNA TRANSFERASE IN COMPLEX WITH tRNA(Phe). Authors: Seif, E. / Hallberg, B.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3foz.cif.gz | 216.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3foz.ent.gz | 167.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3foz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3foz_validation.pdf.gz | 470.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3foz_full_validation.pdf.gz | 478 KB | Display | |
| Data in XML | 3foz_validation.xml.gz | 26.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 3foz_validation.cif.gz | 38.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foz | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
| #1: Protein | Mass: 35107.094 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: RNA chain | | Mass: 23852.137 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: TRNA WAS PREPARED BY IN-VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 #3: RNA chain | | Mass: 22261.195 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: TRNA WAS PREPARED BY IN-VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.87 % | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 4K 15%, 0.2M CaCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
| Components of the solutions |
|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 0.97 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2008 / Details: Double crystal monochromator, Si(111) |
| Radiation | Monochromator: Double crystal monochromator, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→78.29 Å / Num. all: 43836 / Num. obs: 43749 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 6.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 100 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3D3Q, 1TTT Resolution: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 23.52 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.576 / ESU R Free: 0.33 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 22.657 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→30 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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