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- PDB-2zm5: Crystal structure of tRNA modification enzyme MiaA in the complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zm5
タイトルCrystal structure of tRNA modification enzyme MiaA in the complex with tRNA(Phe)
要素
  • tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
  • tRNA(Phe)
キーワードTRANSFERASE/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / tRNA modification enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Transferase / tRNA processing / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytoplasmic translation in response to stress / tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / cellular response to heat / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A - #140 / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Histone, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Histone, subunit A - #140 / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Histone, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / tRNA dimethylallyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Sakai, J. / Yao, M. / Chimnaronk, S. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Snapshots of dynamics in synthesizing N(6)-isopentenyladenosine at the tRNA anticodon
著者: Chimnaronk, S. / Forouhar, F. / Sakai, J. / Yao, M. / Tron, C.M. / Atta, M. / Fontecave, M. / Hunt, J.F. / Tanaka, I.
履歴
登録2008年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
C: tRNA(Phe)
D: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,10611
ポリマ－119,9364
非ポリマー1707
水2,918162
1
A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
C: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1148
ポリマ－59,9682
非ポリマー1466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA
2
B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
D: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9923
ポリマ－59,9682
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area46330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.200, 89.400, 150.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase / IPP transferase / Isopentenyl-diphosphate:tRNA isopentenyltransferase / IPTase / IPPT


分子量: 35482.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: miaA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P16384, EC: 2.5.1.8
#2: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: tRNA(Phe) was prepared by in vitro transcription. / 由来: (合成) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 169887498
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.09M MES, 24% PEG 3350, 0.18mM Ca(OAc)2, 0.01mM tri-Sodium Citrate dihydrate pH 5.6, 2% iso-Propanol, 2% PEG 4000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2PEG 335011
3Ca(OAc)211
4tri-Sodium Citrate dihydrate11
5iso-Propanol11
6PEG 400011
7H2O11
8MES12
9PEG 335012
10Ca(OAc)212
11tri-Sodium Citrate dihydrate12
12PEG 400012
13H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 39165 / Num. obs: 39165 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2753 7 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 39165 99 %-
all-39098 --
原子変位パラメータBiso mean: 58.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.662 Å20 Å20 Å2
2---21.578 Å20 Å2
3---20.916 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4800 3046 7 162 8015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.64
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.986
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.669
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.537
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3797 265 6.8 %
Rwork0.3558 3330 -
obs--92.61 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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