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- PDB-3w12: Insulin receptor ectodomain construct comprising domains L1-CR in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w12
タイトルInsulin receptor ectodomain construct comprising domains L1-CR in complex with high-affinity insulin analogue [D-PRO-B26]-DTI-NH2, alpha-CT peptide(704-719) and FAB 83-7
要素
  • (Insulin receptor ...) x 2
  • (monoclonal antibody fab 83-7 fragment - ...) x 2
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE RECEPTOR/HORMONE/IMMUNE SYSTEM / CELL SURFACE RECEPTOR/IMMUNE SYSTEM / INSULIN RECEPTOR / IR ECTODOMAIN / CT PEPTIDE / INSULIN / HORMONE RECEPTOR-HORMONE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / exocrine pancreas development ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / exocrine pancreas development / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / insulin binding / adrenal gland development / neuronal cell body membrane / negative regulation of glycogen catabolic process / PTB domain binding / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / positive regulation of receptor internalization / regulation of embryonic development / insulin receptor substrate binding / protein kinase activator activity / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / epidermis development / negative regulation of protein secretion / activation of protein kinase B activity / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / heart morphogenesis / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of protein localization to plasma membrane / transport across blood-brain barrier / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase binding / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / dendrite membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / learning / insulin receptor binding / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / wound healing / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / regulation of synaptic plasticity / caveola / cellular response to growth factor stimulus / receptor internalization / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / memory / cognition / vasodilation / male gonad development / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / insulin receptor signaling pathway / late endosome / glucose homeostasis
類似検索 - 分子機能
Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. ...Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin / Insulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.301 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Smith, B.J. / Brzozowsk, A.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: How insulin engages its primary binding site on the insulin receptor
著者: Menting, J.G. / Whittaker, J. / Margetts, M.B. / Whittaker, L.J. / Kong, G.K.-W. / Smith, B.J. / Watson, C.J. / Zakova, L. / Kletvikova, E. / Jiracek, J. / Chan, S.J. / Steiner, D.F. / ...著者: Menting, J.G. / Whittaker, J. / Margetts, M.B. / Whittaker, L.J. / Kong, G.K.-W. / Smith, B.J. / Watson, C.J. / Zakova, L. / Kletvikova, E. / Jiracek, J. / Chan, S.J. / Steiner, D.F. / Dodson, G.G. / Brzozowski, A.M. / Weiss, M.A. / Ward, C.W. / Lawrence, M.C.
履歴
登録2012年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Insulin receptor domains L1-CR
C: monoclonal antibody fab 83-7 fragment - heavy chain
D: monoclonal antibody fab 83-7 fragment - light chain
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
F: Insulin receptor alpha-CT peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,92210
ポリマ－68,1456
非ポリマー1,7784
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.488, 169.488, 169.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

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Insulin receptor ... , 2種, 2分子 EF

#1: タンパク質 Insulin receptor domains L1-CR / insulin receptor L1-CR (IR310.T) / Insulin receptor subunit alpha


分子量: 35503.934 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / Cell (発現宿主): CHO CELL / 細胞株 (発現宿主): LEC8 MUTANT
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase
#6: タンパク質・ペプチド Insulin receptor alpha-CT peptide / Insulin receptor subunit alpha


分子量: 1922.143 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 731-746 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#4: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: semi-synthetic modification of porcine insulin derived from porcine pancreas
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#5: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 2938.408 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-50 / 由来タイプ: 合成
詳細: semi-synthetic modification of porcine insulin derived from porcine pancreas
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01308

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抗体 , 2種, 2分子 CD

#2: 抗体 monoclonal antibody fab 83-7 fragment - heavy chain


分子量: 12712.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 monoclonal antibody fab 83-7 fragment - light chain


分子量: 12684.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 3種, 4分子

#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

配列の詳細HIS E 144 IS NATURAL VARIANT RS1051692. THE SEQUENCE OF CHIAN F IS ISOFORM SHORT OF INSULIN ...HIS E 144 IS NATURAL VARIANT RS1051692. THE SEQUENCE OF CHIAN F IS ISOFORM SHORT OF INSULIN RECEPTOR, P06213-2. B26 TYR MUTATED TO D-PRO; B27-B30 ARE DELETED; B26 C-TERMINUS IS FINISHED WITH CONH2 (CARBOXYAMIDE) NOT A COOH GROUP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.074 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.749 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化pH: 8
詳細: 0.9-1.1M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M IMIDAZOLE-HCL, 0.02% SODIUM AZIDE, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.301→169.488 Å / Num. all: 11280 / Num. obs: 11280 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.188 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 4.3→4.53 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 2.697 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LOH, 2WRW

3loh
PDB 未公開エントリ

2wrw


解像度: 4.301→29.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / SU B: 157.305 / SU ML: 0.857 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.998 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3492 538 4.8 %RANDOM
Rwork0.2887 ---
obs0.2913 11259 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 443.43 Å2 / Biso mean: 238.7561 Å2 / Biso min: 127.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.301→29.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4454 0 117 0 4571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9856387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9955557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6724.3207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.27415768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5211523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213497
LS精密化 シェル解像度: 4.301→4.412 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 46 -
Rwork0.332 763 -
all-809 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9974-0.52711.01864.0538-1.55773.52530.02-0.02330.2538-0.0851-0.1329-0.33280.1390.36460.11290.95190.04050.17350.610.08830.563129.01120.671169.9892
22.8479-0.44920.412711.09060.76789.7993-0.4002-1.22980.83191.24230.6601-0.9499-1.8834-0.2182-0.25981.41860.5296-0.17091.3372-0.40410.562823.721624.9254110.2745
36.43463.1292-0.34887.18172.39491.6695-0.0542-0.56030.35590.86830.24570.36080.3066-0.6527-0.19151.09140.2528-0.06411.8360.46020.17499.5939.7163103.8221
436.160310.589812.760521.9651-19.055632.04450.05210.11263.06630.07960.742.42760.006-0.8875-0.79210.95120.36820.62850.70760.02621.078422.198736.554942.7027
514.8872-6.54296.51443.051-2.73853.04291.7281.66280.3947-1.2128-1.5249-0.25270.5470.1764-0.20312.31771.63140.43053.43970.31130.86131.725532.246343.2281
612.58395.982-11.33837.00833.017227.21691.2487-0.0612-0.8971-0.0382-0.0288-1.379-2.28470.0373-1.21991.63230.13130.09730.92970.25640.86422.701927.500151.7357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E5 - 310
2X-RAY DIFFRACTION1E401 - 409
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 116
4X-RAY DIFFRACTION3D1 - 114
5X-RAY DIFFRACTION4A1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION5B7 - 21
7X-RAY DIFFRACTION6F705 - 715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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