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- PDB-3vwu: Crystal structure of peroxiredoxin 4 from M. musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vwu
タイトルCrystal structure of peroxiredoxin 4 from M. musculus
要素Peroxiredoxin-4
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin family / thioredoxin fold / peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / protein maturation by protein folding / smooth endoplasmic reticulum / Neutrophil degranulation / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / reactive oxygen species metabolic process ...negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / protein maturation by protein folding / smooth endoplasmic reticulum / Neutrophil degranulation / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / reactive oxygen species metabolic process / hydrogen peroxide catabolic process / male gonad development / spermatogenesis / response to oxidative stress / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Inaba, K. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Synergistic cooperation of PDI family members in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding
著者: Sato, Y. / Kojima, R. / Okumura, M. / Hagiwara, M. / Masui, S. / Maegawa, K. / Saiki, M. / Horibe, T. / Suzuki, M. / Inaba, K.
履歴
登録2012年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-4
B: Peroxiredoxin-4
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
E: Peroxiredoxin-4
F: Peroxiredoxin-4
G: Peroxiredoxin-4
H: Peroxiredoxin-4
I: Peroxiredoxin-4
J: Peroxiredoxin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,80510
ポリマ－287,80510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19460 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area68220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.468, 118.656, 255.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-4 / Antioxidant enzyme AOE372 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin- ...Antioxidant enzyme AOE372 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372


分子量: 28780.486 Da / 分子数: 10 / 変異: C54A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prdx4 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08807, peroxiredoxin

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 8-10% PEG-MME 550, 50mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→43.73 Å / Num. obs: 38676 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 69.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→43.108 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8335 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 1936 5.01 %random
Rwork0.2027 ---
obs0.2054 38605 94.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.345 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 164.07 Å2 / Biso mean: 67.0966 Å2 / Biso min: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1922 Å2-0 Å20 Å2
2--8.5102 Å20 Å2
3----3.3179 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→43.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13617 0 0 0 13617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01413960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.74818926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7155100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0922099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012420
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3-3.38250.26621260.2166240688
3.3825-3.47390.31151010.2253244089
3.4739-3.57610.26781450.2303239588
3.5761-3.69150.29681400.2203242389
3.6915-3.82330.25861410.2133243789
3.8233-3.97630.2721400.205250391
3.9763-4.15710.24211360.1889254693
4.1571-4.37610.23731350.1762264896
4.3761-4.650.21761340.169271899
4.65-5.00850.1981240.1742781100
5.0085-5.51160.31131590.21792771100
5.5116-6.3070.28341350.21592820100
6.307-7.93810.24951480.19122846100
7.9381-43.11150.23751720.2222293599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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