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万見
- PDB-3vvt: Crystal structure of reconstructed archaeal ancestral NDK, Arc1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvt
タイトルCrystal structure of reconstructed archaeal ancestral NDK, Arc1
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / NDK / ARCHAEA / ANCESTOR
機能・相同性Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nemoto, N. / Miyazono, K. / Kimura, M. / Yokobori, S. / Akanuma, S. / Tanokura, M. / Yamagishi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Experimental evidence for the thermophilicity of ancestral life
著者: Akanuma, S. / Nakajima, Y. / Yokobori, S. / Kimura, M. / Nemoto, N. / Mase, T. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Yamagishi, A.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2982
ポリマ－31,2982
非ポリマー00
水75742
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8956
ポリマ－93,8956
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.398, 110.398, 110.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase


分子量: 15649.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: There is no natural source since this sequence is estimated as archaeal ancestral NDK sequence by phylogenetic analysis. Host is Escherichia coli BL21(DE3) and plasmid is pET21c
参照: nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.8M POTTASIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE, 3% 2-METHYL-2,4,-PENTADIOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 73 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 17715 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 38.379
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2cwk

2cwk


解像度: 2.4→19.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 12.344 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 900 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.187 17682 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2190 0 0 42 2232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9732988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7745276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12323.26598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.34915428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4541520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.51380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17822226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1993848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9914.5762
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 54 -
Rwork0.259 1181 -
obs--97.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31840.2284-0.74630.8249-0.03372.26810.11420.1090.1240.053-0.01770.3087-0.2171-0.4239-0.09650.14360.06880.03870.2019-0.01940.128121.495-7.549-26.19
20.3520.1001-0.19460.8961-0.40461.31260.0119-0.01260.18380.14720.03890.1555-0.372-0.1139-0.05070.19480.0627-0.01510.09510.02080.134532.0454.79-46.133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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