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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vvu | ||||||
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Title | Crystal structure of reconstructed bacterial ancestral NDK, Bac1 | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NDK / BACTERIA / ANCESTOR | ||||||
Function / homology | Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nemoto, N. / Miyazono, K. / Kimura, M. / Yokobori, S. / Akanuma, S. / Tanokura, M. / Yamagishi, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Experimental evidence for the thermophilicity of ancestral life Authors: Akanuma, S. / Nakajima, Y. / Yokobori, S. / Kimura, M. / Nemoto, N. / Mase, T. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Yamagishi, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 428.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 15622.143 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: There is no natural source since this sequence is estimated as bacterial ancestral NDK sequence by phylogenetic analysis. Host is Escherichia coli BL21(DE3) and plasmid is pET21c References: nucleoside-diphosphate kinase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M SODIUM CACODYLATE, 1.4M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 73 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 21, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→20 Å / Num. obs: 17316 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 59.774 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.793 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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