PDB-5cab: Structure of Leishmania nucleoside diphostate kinase mutant Del5-Cterm

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cab

タイトル

Structure of Leishmania nucleoside diphostate kinase mutant Del5-Cterm

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Leishmania major / nucleoside diphosphate kinase / site directed-mutagenesis / quaternary structure / conformational stability

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / ciliary plasm / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.953 Å

データ登録者

Vieira, P.S. / de Giuseppe, P.O. / de Oliveira, A.H.C. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: The role of the C-terminus and Kpn loop in the quaternary structure stability of nucleoside diphosphate kinase from Leishmania parasites.
著者: Vieira, P.S. / de Giuseppe, P.O. / de Oliveira, A.H. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2015年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cab.cif.gz	127.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cab.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/5cab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/5cab	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5c7pC 5caaC 3ngsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kpc-1 3vvt-1 1s5z-d 1mn7-1 1ndc-1 1ehw-1 1wkj-1 1bux-1 1b99-d 2dya-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.212, 113.212, 113.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid A	A	0
2	1	1	chain B and segid B	B	0

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 18211.666 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-146 / 変異: Del5-Cterm / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: L1648.07, LMJF_32_2950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U1E1, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.33 / 詳細: ammonium sulfate, citric acid buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.458 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 10372 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 81.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.003 / Net I/av σ(I): 17.748 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 51126

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.95-3.06	3.1	0.679	953	1.004	93.5
3.06-3.18	4.6	0.6	1017	1.004	99.9
3.18-3.32	5.5	0.385	1032	1.005	100
3.32-3.5	5.6	0.217	1044	1.001	100
3.5-3.72	5.5	0.14	1038	1.004	100
3.72-4	5.3	0.094	1041	1.002	100
4-4.41	5.1	0.068	1030	1.004	99.8
4.41-5.04	4.9	0.059	1058	1.004	100
5.04-6.35	4.6	0.07	1056	1	99.9
6.35-50	5	0.033	1103	1.006	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP	11.0.05	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NGS

3ngs

解像度: 2.953→35.801 Å / FOM work R set: 0.7909 / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2657	495	4.78 %
R_work	0.2288	9852	-
obs	0.2304	10347	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.59 Å² / B_iso mean: 75.78 Å² / B_iso min: 41.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.953→35.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2136	0	10	3	2149
B_iso mean	-	-	102.81	53.32	-
残基数	-	-	-	-	277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.199	2958
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.89	804

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1255	X-RAY DIFFRACTION	7.989	TORSIONAL
1	2	B	1255	X-RAY DIFFRACTION	7.989	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9528-3.2498	0.3468	128	0.3006	2389	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2498-3.7196	0.294	128	0.2234	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7196-4.6846	0.2087	124	0.1966	2476	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6846-10	0.2814	115	0.2397	2556	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2566	0.2238	-4.5462	9.1788	4.1603	2.0219	-0.474	1.712	0.1577	-1.2534	-0.225	1.7138	-0.4861	-1.2155	-0.4922	1.2409	-0.0781	0.2751	0.7864	0.1902	1.151	16.2781	44.6134	12.245
2	4.531	-0.7447	0.3746	3.392	0.6184	4.4503	-0.2055	0.3177	0.4051	-0.0183	0.2884	0.4356	-0.1984	0.572	0.1064	0.3667	-0.0056	0.0395	0.5289	0.1658	0.7294	21.6427	29.1286	5.9191
3	2.1076	0.2226	1.7311	7.1204	4.9152	7.6998	1.0878	0.4197	0.4383	-0.2668	-0.3425	0.3997	-0.897	-0.9391	-0.5614	0.5831	-0.254	0.0276	1.2581	0.2122	0.9973	35.8407	37.9439	-2.7029
4	1.2539	3.4383	0.1979	9.7839	1.4995	2.81	-0.962	0.3623	0.9271	-1.0224	-0.0152	0.9089	-0.5403	-0.4251	-0.9969	0.8264	-0.454	0.0438	1.1367	0.1478	1.5988	42.908	41.5967	4.4866
5	6.9389	-3.609	5.9653	3.2842	-0.3087	2.0302	1.3294	-1.9155	-0.6492	0.8542	-0.4343	1.0044	0.3362	0.3997	-0.7314	0.9898	-0.3431	0.3244	1.2968	0.1977	0.9576	42.3318	31.9248	1.387
6	0.8829	0.8264	1.4166	2.609	1.2301	4.5697	0.2537	0.5969	0.4535	-0.2394	0.3452	0.0277	-0.6145	0.4036	-0.5632	0.5543	-0.0403	0.0741	0.6124	0.1463	0.8365	23.4615	34.9009	9.2343
7	3.4634	4.6888	1.4232	7.0157	1.7772	0.5421	1.067	-0.3007	-0.0061	1.2617	-0.1801	-0.0966	0.3722	0.0585	-0.5306	0.5037	-0.0454	0.0703	0.7293	-0.0087	0.5838	31.2254	26.5365	18.0332
8	2.6063	-0.0079	5.0392	6.8048	0.07	9.7832	-0.1149	2.585	0.7389	-0.0621	0.0608	-1.4463	-0.0543	2.5357	-0.0463	0.6492	-0.0979	-0.0812	0.6975	0.2294	0.708	33.9421	24.7567	10.167
9	1.5378	1.0564	0.627	4.1231	1.8946	1.7189	0.1739	-0.4991	0.4252	-0.6557	0.2575	-0.6328	-0.3669	0.0136	-0.9279	0.7619	-0.0703	0.2717	0.7137	0.244	1.2651	27.5914	43.2064	7.4628
10	5.9529	3.4605	-0.3021	5.8719	-3.1482	2.2091	-2.4358	1.5116	1.4808	-0.5086	1.1593	1.1157	-1.2206	-0.1051	0.7202	1.381	0.0061	-0.0957	0.7986	0.2084	0.8703	19.5763	41.9746	-2.5133
11	4.8137	0.2976	-0.7399	3.1665	0.3734	1.9693	-0.1377	0.4637	0.3049	-0.1216	0.1491	0.3466	0.2002	0.6146	0.0537	0.4375	0.059	-0.0659	0.6694	0.2024	0.5188	13.1412	22.4625	-0.7556
12	8.3855	0.2456	6.3386	5.0744	2.0576	7.5626	-0.4025	2.6642	1.9203	-1.2601	-0.5562	-0.5434	-0.9747	-0.8749	0.3289	0.6756	0.2309	0.0373	1.4662	0.4815	0.7676	1.9486	35.2773	-8.6517
13	3.0647	2.1257	-1.4567	8.0635	-1.1581	1.9861	0.881	0.9774	-0.9061	0.817	-0.4714	-0.2743	0.2644	0.9851	-0.2536	0.5464	0.1848	-0.0789	1.4227	0.2223	0.8706	-6.3651	29.9101	-8.0355
14	3.4749	-2.4084	-0.2536	3.7961	2.9309	3.3786	-0.7935	0.4504	-0.0441	-0.6067	0.3826	0.9196	-0.1611	0.6632	0.0116	0.5005	-0.1282	0.0406	0.8697	0.1823	0.5752	13.6586	24.0975	-4.926
15	2.4586	-2.8108	-2.6728	3.5515	3.1928	2.9468	0.4647	0.892	-0.2208	0.6608	1.539	0.0998	1.1263	0.7899	-1.8091	0.853	-0.0869	-0.0384	0.9851	0.0269	0.5476	10.6374	12.3182	-7.6029
16	6.0506	-2.7421	-1.116	7.1626	0.8411	8.8503	0.1859	-0.3599	-1.3925	-0.1769	-0.0938	0.5241	-0.8471	-1.0349	-0.065	0.4837	-0.0279	-0.0905	0.5967	0.0384	0.5976	1.6985	14.3384	-0.0102
17	1.264	1.5511	2.6264	4.7091	4.6482	6.3346	0.6229	0.0938	0.0168	0.9194	-0.3729	-0.5297	2.3525	-0.2374	0.0655	0.5673	-0.0388	0.0718	0.4865	-0.0409	0.8022	2.677	12.8616	4.8385
18	4.3598	1.6719	0.1617	4.7288	-0.2142	3.2953	-0.3047	0.6372	1.0429	-0.6504	0.2689	1.2978	-0.4299	-0.0644	0.3805	0.6012	0.0477	-0.0935	0.7379	0.2021	0.7814	1.3792	20.5545	-1.249
19	9.3075	-3.9411	2.1926	5.8196	4.036	6.4412	0.0679	0.9228	-0.9503	-1.1209	-0.8647	0.7486	-0.634	-0.6895	0.059	0.5913	0.1203	-0.0607	1.5518	0.3016	0.5975	8.3486	22.9843	-15.6204
20	3.4613	-1.7498	-0.0493	2.0051	4.9073	2.4783	-0.8539	2.4844	0.7691	-1.4206	1.2055	-2.0591	-0.5594	0.0117	-0.1925	1.2208	-0.16	0.2266	1.498	0.4996	0.9822	15.1507	31.2854	-12.6798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:6)	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:42)	A	7 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 43:51)	A	43 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 52:57)	A	52 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 58:66)	A	58 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 67:90)	A	67 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 91:106)	A	91 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 107:116)	A	107 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 117:131)	A	117 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 132:139)	A	132 - 139
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 2:39)	B	2 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 40:50)	B	40 - 50
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 51:69)	B	51 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 70:80)	B	70 - 80
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 81:87)	B	81 - 87
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 88:96)	B	88 - 96
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 97:106)	B	97 - 106
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 107:122)	B	107 - 122
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 123:130)	B	123 - 130
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 131:139)	B	131 - 139

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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