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万見
- PDB-3vqg: Crystal Structure Analysis of the PDZ Domain Derived from the Tig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vqg
タイトルCrystal Structure Analysis of the PDZ Domain Derived from the Tight Junction Regulating Protein
要素
  • C-terminal peptide from Immunoglobulin superfamily member 5
  • E3 ubiquitin-protein ligase LNX
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ domain / peptide binding / JAM4 (junctional adhesion molecule-4) C-terminal peptide / Cytoplasm(LNX1) / Membrane(JAM4)
機能・相同性
機能・相同性情報


synapse maturation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / bicellular tight junction / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / PDZ domain binding / cell-cell adhesion / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination ...synapse maturation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / bicellular tight junction / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / PDZ domain binding / cell-cell adhesion / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / postsynapse / apical plasma membrane / cell surface / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PDZ domain / Ring finger ...: / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PDZ domain / Ring finger / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase LNX / Immunoglobulin superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Akiyoshi, Y. / Hamada, D. / Goda, N. / Tenno, T. / Narita, H. / Nakagawa, A. / Furuse, M. / Suzuki, M. / Hiroaki, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for down regulation of tight junction by PDZ-domain containing E3-Ubiquitin ligase
著者: Akiyoshi, Y. / Nakakura, Y. / Hamada, D. / Goda, N. / Tenno, T. / Narita, H. / Nakagawa, A. / Furuse, M. / Suzuki, M. / Hiroaki, H.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase LNX
B: C-terminal peptide from Immunoglobulin superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5763
ポリマ－11,4802
非ポリマー961
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.852, 50.768, 33.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21A-227-

HOH

31A-238-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase LNX


分子量: 10386.552 Da / 分子数: 1 / 断片: second PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lnx1 / プラスミド: pGEX-6P3-PRESAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O70263
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal peptide from Immunoglobulin superfamily member 5 / JAM-4


分子量: 1093.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Mus musculus / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q7TSN7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% polyethlene glycol monomethyl ether 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 18907 / Num. obs: 18907 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.35-1.373.50.99143.8952199.7
1.37-1.43.61.14743.5950199.8
1.4-1.433.61.35143.7934199.8
1.43-1.453.51.53444969199.8
1.45-1.493.61.92343.9930199.9
1.49-1.523.62.07743.99821100
1.52-1.563.62.68445.59451100
1.56-1.63.53.10246.8944199.8
1.6-1.653.63.96849.19711100
1.65-1.73.64.68451.69381100
1.7-1.763.65.82755.49501100
1.76-1.833.68.45966.9960199.8
1.83-1.923.611.52581.3946199.8
1.92-2.023.617.8109.3967199.8
2.02-2.143.625.469144.4952199.5
2.14-2.313.535.141192.2955199.8
2.31-2.543.538.68203.5971199.9
2.54-2.913.563.083321.9946199.3
2.91-3.663.3126.946664.7924194.9
3.66-303129.46732.8821182.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vwr

2vwr


解像度: 1.35→26.328 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8871 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 974 5.15 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1718 18904 98.32 %-
all-18907 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.734 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 42.27 Å2 / Biso mean: 9.5138 Å2 / Biso min: 1.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3562 Å2-0 Å25.2577 Å2
2--6.1693 Å2-0 Å2
3---10.3533 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→26.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数700 0 5 117 822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0321023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.993288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3501-1.42130.261380.23632506264497
1.4213-1.51040.25581370.202625982735100
1.5104-1.6270.20541290.163326062735100
1.627-1.79060.19721350.150726082743100
1.7906-2.04970.17591330.145925922725100
2.0497-2.5820.19431660.150325732739100
2.582-26.33290.21661360.18522447258392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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