PDB-3vor: Crystal Structure Analysis of the CofA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vor

タイトル

Crystal Structure Analysis of the CofA

要素

CFA/III pilin

キーワード

CELL ADHESION / Type IV pilin / colonization

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular organelle / pilus / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 0.9 Å

データ登録者

Fukakusa, S. / Kawahara, K. / Nakamura, S. / Iwasita, T. / Baba, S. / Nishimura, M. / Kobayashi, Y. / Honda, T. / Iida, T. / Taniguchi, T. / Ohkubo, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the CFA/III major pilin subunit CofA from human enterotoxigenic Escherichia coli determined at 0.90 A resolution by sulfur-SAD phasing
著者: Fukakusa, S. / Kawahara, K. / Nakamura, S. / Iwashita, T. / Baba, S. / Nishimura, M. / Kobayashi, Y. / Honda, T. / Iida, T. / Taniguchi, T. / Ohkubo, T.

履歴

登録	2012年2月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vor.cif.gz	126.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vor.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pbs-7 1ore-d 2g8v-d 1c4r-1 4h79-d 1n5n-1 1hlb-d 6kth-d 1qhy-d 1v3y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CFA/III pilin

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.820, 47.710, 42.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CFA/III pilin / CofA / Major pilin subunit 分子量: 18899.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 260-1 / 遺伝子: cofA / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB(DE3) / 参照: UniProt: Q59393
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.8 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 3.8 詳細: 26% PEG 4000, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日

放射

モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 13.2 % / Av σ(I) over netI: 0 / 数: 351095 / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 2.1 / D res high: 0.9 Å / D res low: 30.86 Å / Num. obs: 26512 / % possible obs: 96.4

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.75	50	1101	96.2	0.036	2.145	13.4
2.97	3.75	1966	99.6	0.037	2.28	14.5
2.6	2.97	2541	100	0.041	2.388	14.8
2.36	2.6	2971	100	0.046	2.411	13.2
2.19	2.36	3372	99.9	0.049	2.54	13.5
2.06	2.19	3702	99.8	0.055	2.884	13.6
1.96	2.06	3971	99.8	0.061	2.984	13.5
1.87	1.96	4202	99.9	0.066	2.878	13.5
1.8	1.87	4437	99.9	0.068	2.565	13.6
1.74	1.8	4586	100	0.072	2.157	13.6
1.68	1.74	4764	100	0.077	2.012	13.6
1.64	1.68	4983	100	0.082	1.903	13.6
1.59	1.64	5224	100	0.09	1.775	13.4
1.55	1.59	5440	100	0.094	1.74	13.4
1.52	1.55	5612	100	0.107	1.628	13.4
1.49	1.52	5838	100	0.119	1.507	13.1
1.46	1.49	5984	100	0.139	1.379	13.1
1.43	1.46	6238	100	0.159	1.366	12.9
1.4	1.43	6386	99.8	0.196	1.463	12.4
1.38	1.4	6562	97.1	0.248	1.562	8.6

反射

解像度: 0.9→30.86 Å / Num. obs: 91809 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 3.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.6

反射シェル

解像度: 0.9→0.95 Å / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 7.11 / % possible all: 94.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 0.9→30.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 9.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.13	4590	5 %
R_work	0.12	-	-
obs	0.121	91733	96.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.895 Å² / k_sol: 0.558 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 4.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1894 Å²	0 Å²	0.0028 Å²
2-	-	0.7523 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4371 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.9→30.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1322	0	0	237	1559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.541	2216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.484	636
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9-0.9102	0.1582	150	0.1458	2850	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9102-0.9209	0.1592	148	0.1394	2831	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9209-0.9322	0.1341	150	0.1324	2843	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9322-0.944	0.1342	153	0.1283	2899	X-RAY DIFFRACTION	95
0.944-0.9564	0.1278	148	0.1209	2825	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9564-0.9695	0.1254	152	0.1197	2884	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9695-0.9834	0.1163	150	0.1148	2841	X-RAY DIFFRACTION	96
0.9834-0.998	0.1111	151	0.1073	2868	X-RAY DIFFRACTION	95
0.998-1.0136	0.1084	153	0.1066	2903	X-RAY DIFFRACTION	96
1.0136-1.0303	0.1017	151	0.0997	2875	X-RAY DIFFRACTION	96
1.0303-1.048	0.1196	152	0.1017	2883	X-RAY DIFFRACTION	96
1.048-1.0671	0.1144	152	0.1	2895	X-RAY DIFFRACTION	96
1.0671-1.0876	0.1095	153	0.093	2897	X-RAY DIFFRACTION	96
1.0876-1.1098	0.0902	151	0.0895	2874	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1098-1.1339	0.0815	152	0.0857	2894	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1339-1.1603	0.0968	153	0.0837	2898	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1603-1.1893	0.1166	151	0.0882	2876	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1893-1.2215	0.0974	154	0.088	2933	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2215-1.2574	0.1022	154	0.0932	2917	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2574-1.298	0.1096	154	0.0988	2916	X-RAY DIFFRACTION	97
1.298-1.3444	0.1009	153	0.0975	2911	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3444-1.3982	0.1255	154	0.1038	2924	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3982-1.4619	0.1204	155	0.1016	2957	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4619-1.5389	0.1376	155	0.1084	2942	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5389-1.6354	0.1171	155	0.112	2941	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6354-1.7616	0.1401	156	0.1221	2960	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7616-1.9389	0.1325	155	0.1289	2944	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9389-2.2194	0.1519	156	0.1302	2967	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2194-2.7959	0.154	158	0.1422	2994	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7959-30.8832	0.1768	161	0.1804	3041	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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