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万見
- PDB-6kth: Crystal structure of Juvenile hormone diol kinase JHDK-L2 from si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kth
タイトルCrystal structure of Juvenile hormone diol kinase JHDK-L2 from silkworm, Bombyx mori
要素Juvenile hormone diol kinase
キーワードHORMONE / kinase / catabolism / EF-hand motif
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Zhang, Y.S. / Xu, H.Y. / Wang, Z. / Zhang, L. / Zhao, P. / Guo, P.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31502019 中国
National Natural Science Foundation of China31970468 中国
引用
ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structural characterization and functional analysis of juvenile hormone diol kinase from the silkworm, Bombyx mori.
著者: Xu, H. / Zhang, Y. / Zhang, L. / Wang, Z. / Guo, P. / Zhao, P.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the neuronal protein calexcitin suggests a mode of interaction in signalling pathways of learning and memory.
著者: Erskine, P.T. / Beaven, G.D. / Hagan, R. / Findlow, I.S. / Werner, J.M. / Wood, S.P. / Vernon, J. / Giese, K.P. / Fox, G. / Cooper, J.B.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8293
ポリマ－22,6971
非ポリマー1322
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.960, 67.570, 69.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Juvenile hormone diol kinase


分子量: 22696.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: JHDK-L2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9JH18
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihyrate pH 5.6, 2 M Ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→48.484 Å / Num. obs: 67534 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.48 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.22→1.25 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-3000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CCM

2ccm


解像度: 1.22→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.486 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 3427 5.085 %
Rwork0.183 --
obs-67398 99.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.451 Å20 Å20 Å2
2---0.031 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 7 178 1700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0131556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4671.632093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7161.5933161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0265189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01924.9483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86715264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.819153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2030.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.10.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6651.414759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6481.409758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6022.117947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6092.123948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4461.711797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.451.713798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9342.4541146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9482.4561147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.493 259 -
Rwork0.46 4647 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06150.1274-0.00860.2677-0.02820.252-0.00690.0050.0026-0.00750.00880.00030.0052-0.0158-0.00190.0164-0.0032-0.00280.00440.00170.0278-16.0533-9.7086-10.4073
20.2040.1927-0.00740.3382-0.01150.3824-0.00470.0156-0.00730.01350.0109-0.01330.0134-0.0187-0.00610.0119-0.0001-0.00680.00330.00170.0121-17.5816-10.5962-8.6063
300000000000000-00.0447-0.025-0.0110.02620.02560.0337-17.92-8.205-25.292
493.6404-16.9519-25.3662123.8346-84.769372.995-0.20211.08190.5173-1.38230.63670.28991.1017-0.9156-0.43460.032-0.0031-0.02470.025-0.00250.0294-26.7318-8.4017-15.2982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2A301 - 478
3X-RAY DIFFRACTION3A201
4X-RAY DIFFRACTION4A202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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