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万見
- PDB-3vns: Co-crystal structure of NRPS adenylation protein CytC1 with D-val... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vns
タイトルCo-crystal structure of NRPS adenylation protein CytC1 with D-valine and AMP from streptomyces
要素NRPS adenylation protein CytC1
キーワードLIGASE / Adenylation / ATP-binding / Non-ribosomal peptide synthese / NRPS / Streptomyces
機能・相同性ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / D-VALINE
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Okumura, H. / Ueki, M. / Shiro, Y. / Osada, H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Substrate recognition mechanism of NRPS adenylation protein from Streptomyces
著者: Ueki, M. / Okumura, H. / Osada, H.
履歴
登録2012年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRPS adenylation protein CytC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4573
ポリマ－58,9931
非ポリマー4642
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.544, 156.544, 156.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-749-

HOH

21A-767-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NRPS adenylation protein CytC1


分子量: 58992.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: RK95-74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-DVA / D-VALINE / D-バリン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 24-32% PEG5000 monomethyl ether, 1mM ATP, 100mM Hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月22日 / 詳細: mirrors
回折測定詳細: 1.00 degrees, 12.0 sec, detector distance 160.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.062 / 数: 971102
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 43061 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 70.394
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 8.185 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 971102

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AMU

1amu


解像度: 2.001→39.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 2175 5.06 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1926 42998 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.655 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.47 Å2 / Biso mean: 30.0518 Å2 / Biso min: 12.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→39.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3805 0 31 278 4114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0125342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2821419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0011-2.04460.26891370.223425412678100
2.0446-2.09210.25481430.202425282671100
2.0921-2.14440.2461500.199825482698100
2.1444-2.20240.22741170.192825222639100
2.2024-2.26720.25051330.192425272660100
2.2672-2.34040.25481090.198925712680100
2.3404-2.4240.22871410.197925182659100
2.424-2.52110.26221350.200625502685100
2.5211-2.63580.25421410.213325252666100
2.6358-2.77470.2521350.208225472682100
2.7747-2.94850.23061270.205125772704100
2.9485-3.17610.22421440.20525272671100
3.1761-3.49550.2141460.206325522698100
3.4955-4.00090.19081440.174325462690100
4.0009-5.0390.14461290.156626092738100
5.039-39.14350.21081440.18792635277999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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