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- PDB-3vif: Crystal structure of beta-glucosidase from termite Neotermes kosh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vif
タイトルCrystal structure of beta-glucosidase from termite Neotermes koshunensis in complex with gluconolactone
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / CELLULASES / GLYCOSYL HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glucono-1,5-lactone / Beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Neotermes koshunensis (コウシュンシロアリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Jeng, W.Y. / Liu, C.I. / Wang, A.H.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
著者: Jeng, W.Y. / Wang, N.C. / Lin, C.T. / Chang, W.J. / Liu, C.I. / Wang, A.H.J.
履歴
登録2011年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2287
ポリマ－55,6261
非ポリマー6026
水12,755708
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,45614
ポリマ－111,2512
非ポリマー1,20512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.950, 68.479, 74.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

CL

21A-512-

CL

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 55625.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neotermes koshunensis (コウシュンシロアリ)
遺伝子: NkBG / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8T0W7, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-LGC / D-glucono-1,5-lactone / (3S,4R,5R,6S)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-ONE / GLUCONOLACTONE / グルコノデルタラクトン


タイプ: D-saccharide / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O6

-
非ポリマー , 5種, 713分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 18-21%(w/v) PEG 3350, 0.1-0.25M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→30 Å / Num. all: 251286 / Num. obs: 246183 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 25062 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AHZ

3ahz


解像度: 1→28.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.56 / SU ML: 0.013 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.142 12371 5 %RANDOM
Rwork0.12221 ---
obs0.1232 246043 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å2-0.43 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3819 0 36 708 4563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9455568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9815506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42224.306216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.64915642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7751523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2811.52400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86623884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65731672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.844.51667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.27234072
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 0.999→1.053 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1754 -
Rwork0.229 33139 -
obs-34893 95.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.0814 Å / Origin y: 87.744 Å / Origin z: 15.5711 Å
111213212223313233
T0.0135 Å20.0032 Å2-0.0007 Å2-0.0081 Å2-0.0015 Å2--0.0107 Å2
L0.2733 °2-0.0167 °20.0535 °2-0.0979 °2-0.0556 °2--0.1182 °2
S-0.0132 Å °-0.044 Å °-0.0038 Å °0.0091 Å °0.0121 Å °-0.0142 Å °-0.0114 Å °-0.0109 Å °0.0011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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