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万見
- PDB-3vgi: The crystal structure of hyperthermophilic family 12 endocellulas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vgi
タイトルThe crystal structure of hyperthermophilic family 12 endocellulase from Pyrococcus furiosus
要素Endoglucanase A
キーワードHYDROLASE / Beta-jelly roll fold / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Kataoka, M. / Kim, H.-W. / Ishikawa, K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Atomic resolution of the crystal structure of the hyperthermophilic family 12 endocellulase and stabilizing role of the DxDxDG calcium-binding motif in Pyrococcus furiosus.
著者: Kim, H.-W. / Kataoka, M. / Ishikawa, K.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,48315
ポリマ－36,0161
非ポリマー1,46814
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.014, 118.665, 46.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-596-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase A


分子量: 36015.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: eglA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2T0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % / Mosaicity: 0.358 °
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M CHES, 0.5M potassium sodium tartrate, 0.05M lithium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.8000, 0.9000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.81
20.91
反射解像度: 1.07→50 Å / Num. obs: 130828 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.183 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.07-1.0950.32456981.0421,281.2
1.09-1.115.30.30158581.0981,283.5
1.11-1.135.70.27459521.0891,285.3
1.13-1.156.10.25260141.0631,285.7
1.15-1.186.30.23360651.0461,286.2
1.18-1.216.50.22561350.9661,287.6
1.21-1.246.80.20662090.8651,288
1.24-1.2770.19762060.961,288.9
1.27-1.317.30.18463861.0331,290.1
1.31-1.357.50.17564291.121,291.5
1.35-1.47.70.16765431.3281,293
1.4-1.458.10.15967131.5781,295
1.45-1.528.60.15168141.9931,296.2
1.52-1.69.10.14168831.9891,297.4
1.6-1.79.60.11970241.5711,298.8
1.7-1.8310.10.09370240.9921,298.9
1.83-2.0110.30.07570700.8791,298.9
2.01-2.3118.60.06771551.11,299.6
2.31-2.918.50.0572480.7971,299.9
2.9-5013.70.04674021.2691,298.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.07→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / WRfactor Rfree: 0.163 / WRfactor Rwork: 0.1325 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9184 / SU B: 0.805 / SU ML: 0.017 / SU R Cruickshank DPI: 0.0232 / SU Rfree: 0.0258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1575 6549 5 %RANDOM
Rwork0.127 ---
obs0.1285 130828 92.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 215.29 Å2 / Biso mean: 15.8602 Å2 / Biso min: 4.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 93 328 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.341.9743269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2485288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99224.563103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.02515364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.555159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0211788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6531.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.722295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9873997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7234.5967
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.94632393
LS精密化 シェル解像度: 1.072→1.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 420 -
Rwork0.198 7913 -
all-8333 -
obs--80.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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