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- PDB-3wdy: The complex structure of E113A with cellotetraose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wdy
タイトルThe complex structure of E113A with cellotetraose
要素Beta-1,3-1,4-glucanase
キーワードHYDROLASE / 1 / 3-1 / 4-beta-glucanase / 3(4)-beta-glucanase / PtLic16A / beta-jellyroll fold
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3(4)-beta-glucanase / endo-1,3(4)-beta-glucanase activity / glucan catabolic process / side of membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
XgeA-like, catalytic GH16 domain / : / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / beta-cellotetraose / beta-D-glucopyranose / endo-1,3(4)-beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paecilomyces (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Cheng, Y.S. / Huang, C.H. / Chen, C.C. / Huang, T.Y. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Wu, T.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Structural and mutagenetic analyses of a 1,3-1,4-beta-glucanase from Paecilomyces thermophila
著者: Cheng, Y.S. / Huang, C.H. / Chen, C.C. / Huang, T.Y. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Wu, T.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-1,4-glucanase
B: Beta-1,3-1,4-glucanase
C: Beta-1,3-1,4-glucanase
D: Beta-1,3-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,52910
ポリマ－127,5594
非ポリマー1,9706
水18,0871004
1
A: Beta-1,3-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2322
ポリマ－31,8901
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-1,3-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2322
ポリマ－31,8901
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-1,3-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8334
ポリマ－31,8901
非ポリマー9433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-1,3-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2322
ポリマ－31,8901
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.283, 92.311, 98.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-1,3-1,4-glucanase / PtLic16A


分子量: 31889.859 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-314 / 変異: E113A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paecilomyces (菌類) / 株: J18 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: E0XN39, licheninase

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 1005分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1004 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, 34%(w/v) PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→25 Å / Num. obs: 97796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 9735 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDT

3wdt


解像度: 1.94→24.67 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4682 4.8 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all-97778 --
obs-93244 95.4 %-
溶媒の処理Bsol: 41.8041 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 29.2327 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.925 Å20 Å2-2.473 Å2
2---2.299 Å20 Å2
3----1.626 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8987 0 131 1004 10122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8282
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5432.5
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.01 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.291 -
Rwork0.244 -
obs-8460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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