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- PDB-3ve0: Crystal structure of Sudan Ebolavirus Glycoprotein (strain Bonifa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ve0
タイトルCrystal structure of Sudan Ebolavirus Glycoprotein (strain Boniface) bound to 16F6
要素
  • (Envelope glycoprotein) x 2
  • 16F6 Antibody chain A
  • 16F6 Antibody chain B
キーワードImmune system/viral protein / Ebola / Sudan / Glycoprotein / Virus surface / Immune system-viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.353 Å
データ登録者Saphire, E.O. / Bale, S. / Dias, J.M.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2012
タイトル: Structural basis for differential neutralization of ebolaviruses.
著者: Bale, S. / Dias, J.M. / Fusco, M.L. / Hashiguchi, T. / Wong, A.C. / Liu, T. / Keuhne, A.I. / Li, S. / Woods, V.L. / Chandran, K. / Dye, J.M. / Saphire, E.O.
履歴
登録2012年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22012年5月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Envelope glycoprotein
J: Envelope glycoprotein
A: 16F6 Antibody chain A
B: 16F6 Antibody chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4706
ポリマ－99,2974
非ポリマー1,1732
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area38900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.859, 194.859, 194.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1


分子量: 33404.312 Da / 分子数: 1 / 断片: Sudan Boniface Glycoprotein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
株: Boniface-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: pDISPLAY / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q66814
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP2


分子量: 18749.258 Da / 分子数: 1 / 断片: 16F6 chain A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
株: Boniface-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: pDISPLAY / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q66814
#3: 抗体 16F6 Antibody chain A


分子量: 23686.604 Da / 分子数: 1 / 断片: 16F6 chain B / 由来タイプ: 天然
詳細: Antibody raised by injecting mice with irradiated virus
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 16F6 Antibody chain B


分子量: 23457.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Antibody raised by injecting mice with irradiated virus
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.2 M lithium citrate, and 1.5% benzamidine hydrochloride, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月1日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. all: 17818 / Num. obs: 17818 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.777 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CSY

3csy


解像度: 3.353→45.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 71.763 / SU ML: 0.524 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.59 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28949 908 5.1 %RANDOM
Rwork0.22173 ---
obs0.22523 16866 99.79 %-
all-17818 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 142.918 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.353→45.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5924 0 78 0 6002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9618409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0495776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56423.944251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.8315906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2881528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4281.53889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.39326239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.16432274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4054.52170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.28836163
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.353→3.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 85 -
Rwork0.296 1212 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34510.50530.14070.2479-0.3418-0.7253-0.03840.07830.0465-0.20440.05470.0549-0.2286-0.0599-0.01640.003-0.0586-0.02990.0325-0.04840.025450.720713.327332.8604
2-0.68790.46380.2084-0.22990.1786-0.85170.00150.0196-0.1049-0.0252-0.02410.06360.091-0.09220.02250.12140.06070.0230.12560.0260.059454.438933.00440.8225
30.38970.01090.1552-0.05930.02570.0864-0.00650.0011-0.0099-0.0007-0.0137-0.0038-0.0069-0.00440.02020.09010.0022-0.00420.082-0.00460.091684.105319.724875.9518
40.3556-0.14960.19370.0858-0.04160.18160.01830.03930.0270.0051-0.03-0.02330.00840.02420.01170.0741-0.00050.00420.07590.00010.083797.349916.661864.5217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1I32 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2J510 - 614
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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