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- PDB-3vaf: Structure of U2AF65 variant with BrU3 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vaf
タイトルStructure of U2AF65 variant with BrU3 DNA
要素
  • DNA 5'-D(*UP*UP*(BRU)P*(BRU)P*UP*UP*U)-3'
  • Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA / RNA SPLICING FACTOR / RNA RECOGNITION MOTIF / RNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / DNA / Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Jenkins, J.L. / Kielkopf, C.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: U2AF65 adapts to diverse pre-mRNA splice sites through conformational selection of specific and promiscuous RNA recognition motifs.
著者: Jenkins, J.L. / Agrawal, A.A. / Gupta, A. / Green, M.R. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
B: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
P: DNA 5'-D(*UP*UP*(BRU)P*(BRU)P*UP*UP*U)-3'
E: DNA 5'-D(*UP*UP*(BRU)P*(BRU)P*UP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,32216
ポリマ－42,4404
非ポリマー1,88312
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.296, 36.981, 99.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABPE

#1: タンパク質 Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / hU2AF(65) / hU2AF65 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit


分子量: 19075.754 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA Binding Domains 1 and 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U2AF2, U2AF65 / プラスミド: PGEX-6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26368
#2: DNA鎖 DNA 5'-D(*UP*UP*(BRU)P*(BRU)P*UP*UP*U)-3'


分子量: 2144.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA

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非ポリマー , 5種, 131分子

#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CPQ / N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE / DEOXY-BIGCHAP / デオキシBiGCHAP


分子量: 862.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H75N3O15 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細PROTEIN WAS COCRYSTALIZED WITH A DNA 7MER (5'-D(*UP*UP*(BRU)P*UP*UP*UP*U)-3') BUT THE PROTEIN BOUND ...PROTEIN WAS COCRYSTALIZED WITH A DNA 7MER (5'-D(*UP*UP*(BRU)P*UP*UP*UP*U)-3') BUT THE PROTEIN BOUND THE DNA IN DIFFERENT REGISTERS RESULTING IN THE BRU APPEARING IN MORE THAN ONE POSITION IN THE STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 17441 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.49-2.584.70.4551612199.3
2.58-2.686.30.4741762195.2
2.68-2.86.60.39717291100
2.8-2.956.90.24517401100
2.95-3.1470.18917431100
3.14-3.387.10.15517541100
3.38-3.7270.15317521100
3.72-4.266.90.12417481100
4.26-5.366.90.08517851100
5.36-506.40.0761816198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G4B

2g4b


解像度: 2.49→20.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 17.959 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 1617 9.9 %RANDOM
Rwork0.2305 ---
obs0.2361 16380 93.5 %-
all-17997 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.44 Å2 / Biso mean: 35.2124 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20.5 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→20.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 226 87 119 3107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4012.0894187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09334992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57924.885131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17915461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2321514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.22091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0410.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5091.52194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0821.5709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63322738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14931589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7934.51448
LS精密化 シェル解像度: 2.486→2.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 96 -
Rwork0.371 963 -
all-1059 -
obs--84.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56721.25670.86472.0747-0.00475.0989-0.16870.0848-0.2822-0.0414-0.06780.04070.17590.00480.2365-0.176-0.04970.0296-0.1834-0.0855-0.117913.112790.3588111.3416
27.83131.87961.71682.457-0.18694.6975-0.02760.06890.0398-0.21960.2429-0.0119-0.33480.1414-0.2154-0.0964-0.14240.1095-0.1393-0.11660.0194-8.1753115.5543107.0935
35.44160.43450.47355.9848-0.87363.7806-0.25280.01350.0561-0.43380.29850.23820.233-0.2285-0.0457-0.1823-0.058-0.0156-0.15380.0051-0.190850.06882.1884109.2609
46.34991.93532.03144.5845-0.44056.0914-0.28770.51560.0466-0.31860.1226-0.0789-0.41360.010.1652-0.1099-0.0509-0.0179-0.06430.0105-0.247629.0005106.198494.3352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A143 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2A258 - 336
3X-RAY DIFFRACTION3B145 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4B258 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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