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- PDB-4tu7: Structure of U2AF65 D231V variant with BrU5 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tu7
タイトルStructure of U2AF65 D231V variant with BrU5 DNA
要素
  • DNA (5'-D(*UP*UP*UP*UP*(BRU)P*UP*U)-3')
  • Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
キーワードRNA binding Protein/DNA / pre-mRNA splicing factor / RNA Recognition Motif / RNA binding Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / DNA / Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.087 Å
データ登録者Agrawal, A.A. / Jenkins, J.L. / Kielkopf, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure-guided U2AF65 variant improves recognition and splicing of a defective pre-mRNA.
著者: Agrawal, A.A. / McLaughlin, K.J. / Jenkins, J.L. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
B: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
P: DNA (5'-D(*UP*UP*UP*UP*(BRU)P*UP*U)-3')
E: DNA (5'-D(*UP*UP*UP*UP*(BRU)P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,40919
ポリマ－42,2504
非ポリマー2,15915
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.432, 37.361, 100.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABPE

#1: タンパク質 Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / hU2AF65 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit


分子量: 19059.799 Da / 分子数: 2 / 変異: D231V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U2AF2, U2AF65 / プラスミド: pGEX-6p2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26368
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*UP*UP*UP*UP*(BRU)P*UP*U)-3')


分子量: 2065.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 264分子

#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CPQ / N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE / DEOXY-BIGCHAP / デオキシBiGCHAP


分子量: 862.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H75N3O15 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6M AMMONIUM SULFATE, 10% DIOXANE, 0.1M MES PH 6.0, DEOXY-BIG CHAP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.087→39.447 Å / Num. obs: 28628 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33.58 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.037 / Net I/av σ(I): 16.634 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 86388
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.087-2.230.2283.21190139410.1540.2284.691
2.2-2.3330.1873.71190239430.1280.1876.296.4
2.33-2.493.10.1215.91161637720.0820.1218.797.5
2.49-2.693.10.0858.51089734990.0570.08512.197.5
2.69-2.952.90.05912.5926131400.040.05916.495.6
2.95-3.33.10.03620.3903229430.0240.0362597.6
3.3-3.812.90.02725.8735025420.0180.02735.394.9
3.81-4.6730.02230.7672522050.0150.02243.796.5
4.67-6.62.90.02130487916730.0140.02140.995
6.6-39.4472.90.01734.128259700.0110.01744.395.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.087→35.982 Å / FOM work R set: 0.8419 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2824 9.9 %
Rwork0.1741 48064 -
obs0.1789 28628 92.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.83 Å2 / Biso mean: 35.11 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.087→35.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 262 386 249 3581
Biso mean--42.88 40.16 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2084337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5221278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.087-2.11080.3213950.26061015111058
2.1108-2.13560.31341840.23081650183497
2.1356-2.16170.28931670.20721691185896
2.1617-2.1890.27221620.20611687184995
2.189-2.21780.2581920.21381650184295
2.2178-2.24820.27971740.21121543171793
2.2482-2.28030.26411810.19461637181892
2.2803-2.31440.23191840.20431615179992
2.3144-2.35050.27641680.20641555172390
2.3505-2.38910.27921580.20081585174394
2.3891-2.43020.24212030.19781685188896
2.4302-2.47440.25131950.18981675187096
2.4744-2.5220.28951680.20351639180797
2.522-2.57350.26322190.19421620183996
2.5735-2.62940.25991720.18921658183093
2.6294-2.69060.26421800.19091627180793
2.6906-2.75780.25041660.18451539170592
2.7578-2.83240.22361900.18671608179892
2.8324-2.91570.30221710.19751566173790
2.9157-3.00970.21331830.19011620180395
3.0097-3.11720.24142170.17941677189496
3.1172-3.2420.25381820.18251594177695
3.242-3.38940.2171980.1721666186496
3.3894-3.5680.19811630.15981583174692
3.568-3.79130.19991760.15161548172489
3.7913-4.08360.18341850.13681618180394
4.0836-4.49390.1631630.14091625178894
4.4939-5.14260.191640.14581683184795
5.1426-6.47290.21441630.18271556171990
6.4729-35.98780.17631610.17131649181093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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