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- PDB-3v99: S663D Stable-5-LOX in complex with Arachidonic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v99
タイトルS663D Stable-5-LOX in complex with Arachidonic Acid
要素Arachidonate 5-lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lipoxygenase / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 5-lipoxygenase / regulation of inflammatory response to wounding / leukotriene A4 biosynthetic process / lipoxin biosynthetic process / Biosynthesis of DPAn-3-derived protectins and resolvins / Biosynthesis of DPAn-3-derived 13-series resolvins / arachidonate 8(S)-lipoxygenase activity / leukotriene production involved in inflammatory response / arachidonate 5-lipoxygenase activity / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives ...arachidonate 5-lipoxygenase / regulation of inflammatory response to wounding / leukotriene A4 biosynthetic process / lipoxin biosynthetic process / Biosynthesis of DPAn-3-derived protectins and resolvins / Biosynthesis of DPAn-3-derived 13-series resolvins / arachidonate 8(S)-lipoxygenase activity / leukotriene production involved in inflammatory response / arachidonate 5-lipoxygenase activity / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Biosynthesis of DPAn-3-derived maresins / arachidonate 12(S)-lipoxygenase activity / negative regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / lipoxygenase pathway / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Interleukin-18 signaling / dendritic cell migration / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / arachidonate metabolic process / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / negative regulation of vascular wound healing / lipid oxidation / leukotriene metabolic process / Biosynthesis of maresins / regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of wound healing / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukotriene biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / regulation of fat cell differentiation / nuclear envelope lumen / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of endothelial cell proliferation / humoral immune response / positive regulation of bone mineralization / regulation of insulin secretion / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of inflammatory response / nuclear matrix / nuclear envelope / glucose homeostasis / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / secretory granule lumen / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / oxidoreductase activity / hydrolase activity / iron ion binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. ...Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / : / Polyunsaturated fatty acid 5-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Gilbert, N.C. / Rui, Z. / Neau, D.B. / Waight, M. / Bartlett, S.G. / Boeglin, W.E. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2012
タイトル: Conversion of human 5-lipoxygenase to a 15-lipoxygenase by a point mutation to mimic phosphorylation at Serine-663.
著者: Gilbert, N.C. / Rui, Z. / Neau, D.B. / Waight, M.T. / Bartlett, S.G. / Boeglin, W.E. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2011年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 5-lipoxygenase
B: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3455
ポリマ－158,9292
非ポリマー4163
水7,062392
1
A: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8253
ポリマ－79,4641
非ポリマー3602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5202
ポリマ－79,4641
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.755, 200.844, 72.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Arachidonate 5-lipoxygenase / 5-LO / 5-lipoxygenase


分子量: 79464.250 Da / 分子数: 2
変異: W14E, F15H, W76G, L77S, C241A, C562A, K654E, K655N, K656L, S664A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALOX5, LOG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09917, arachidonate 5-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細UNP ENTRY P09917 RESIDUES 41-45 (PRO PHE TYR ASN ASP) WERE DELETED AND REPLACED WITH RESIDUES GS(GLY SER)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月26日
放射モノクロメーター: Fast monochromatic rotary beam shutters with opening and closing times less than 5 msec, synchronized, precisely with the motion state of the crystallographic spindle
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→35.57 Å / Num. all: 62626 / Num. obs: 62626 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID
2.25-2.381
2.39-2.61
2.61-2.911
2.92-3.361
3.37-4.111
4.12-35.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.252→35.57 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2000 3.19 %2$
Rwork0.1865 ---
obs0.1879 62613 93.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.012 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8681 Å20 Å2-5.654 Å2
2--7.3154 Å20 Å2
3----9.1835 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→35.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10334 0 24 392 10750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66114419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2513935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2522-2.30850.31751090.23493315X-RAY DIFFRACTION73
2.3085-2.37090.28631350.21924097X-RAY DIFFRACTION89
2.3709-2.44060.28521370.21424145X-RAY DIFFRACTION90
2.4406-2.51940.24291390.21224200X-RAY DIFFRACTION91
2.5194-2.60940.29211410.20334275X-RAY DIFFRACTION93
2.6094-2.71380.271430.21244356X-RAY DIFFRACTION94
2.7138-2.83730.26521450.20814386X-RAY DIFFRACTION95
2.8373-2.98680.26861460.20694417X-RAY DIFFRACTION96
2.9868-3.17390.22981490.1944504X-RAY DIFFRACTION97
3.1739-3.41870.22371490.1814526X-RAY DIFFRACTION98
3.4187-3.76240.191500.16224561X-RAY DIFFRACTION99
3.7624-4.30610.21391530.15394598X-RAY DIFFRACTION99
4.3061-5.42210.1821500.15564576X-RAY DIFFRACTION99
5.4221-35.5790.22861540.19874657X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2559-0.68720.55081.7482-0.30741.1174-0.0373-0.0320.0587-0.05420.0701-0.22880.120.1325-0.04560.14060.0158-0.02050.0814-0.04560.114723.8382-85.881-2.3355
20.10580.22330.31220.41460.60580.8837-0.05660.0506-0.10840.1411-0.02050.04620.29680.20770.03480.12250.04360.01990.27480.0310.224723.1814-85.171-41.3752
32.15310.09110.0271.15560.02091.0153-0.0071-0.07880.06580.01490.02730.0627-0.0744-0.074-0.00930.0950.0068-0.00960.1023-0.02160.0852-7.0197-70.1133-46.9374
40.0924-0.19840.267-0.1453-0.29931.8690.021-0.0159-0.00610.06120.0139-0.0298-0.1195-0.1323-0.02510.17980.0014-0.00440.0955-0.00540.15454.163-74.3655-27.2401
52.8468-0.4454-3.87794.56070.35086.63490.1906-0.6977-0.47960.4818-0.235-0.38690.25990.2720.07850.1992-0.0334-0.03950.35080.10180.38618.1305-84.2108-41.8144
64.0393-0.0393.50494.7944-2.04875.59620.28930.59130.0066-0.5206-0.13870.0690.71560.8553-0.16390.24650.0429-0.05940.2324-0.00630.253310.12-91.704-13.7646
71.402-0.27180.70681.1535-1.09672.30450.30350.2629-0.3886-0.30430.11670.13470.86870.0219-0.01010.3431-0.0117-0.03920.1676-0.03760.2065-0.3818-92.7962-25.7243
80.86630.46720.05093.2138-1.06482.5468-0.2870.21850.2006-0.50120.1786-0.2429-0.09070.08620.01440.2888-0.09180.01580.1370.03620.1762-9.9631-17.8531-63.7652
90.6396-0.14220.47260.2561-0.190.86180.04140.00660.0150.0338-0.0333-0.03660.05220.0659-0.01290.1719-0.02410.02910.106-0.00830.15894.675-38.1634-26.6041
102.8136-1.1320.71695.5592-1.72914.39130.27970.20590.12790.0452-0.0585-0.30570.14910.4121-0.1610.1996-0.00860.01310.1827-0.07710.19356.9844-40.799-37.9375
111.2899-0.06920.78430.1894-0.08791.16190.0419-0.079-0.1250.00920.0062-0.0065-0.0067-0.0225-0.04290.1719-0.01620.02840.10720.01660.147-3.8376-37.6843-28.2086
127.6635-2.89672.45555.6592-0.31974.3834-0.24390.71460.8189-0.1450.0514-0.24390.1710.16250.22630.2843-0.09250.06350.27560.07630.349212.528-24.3459-32.6137
132.53710.86531.46340.52910.89743.2698-0.20120.32760.4171-0.04290.0632-0.0574-0.78020.07410.13760.2949-0.02310.04650.150.04540.2245-10.6716-20.9362-42.0524
144.5159-0.36712.87371.5112-0.60013.8623-0.3886-0.31550.46810.1341-0.04930.0902-0.5783-0.18090.35020.15020.02170.02670.1035-0.01490.1749-14.0366-19.0066-27.6211
151.6994-0.34570.52451.7727-0.35182.6321-0.3019-0.13840.3521-0.0249-0.0709-0.4492-0.3310.3196-0.45580.1825-0.0776-0.01540.216-0.01180.2335-0.6851-23.5745-25.5104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:162)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 163:216)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 217:343)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 344:597)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 598:610)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 614:627)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 628:672)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq -8:112)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 113:400)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 401:442)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 443:597)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 598:613)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 614:627)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 628:654)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 655:673)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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