PDB-3v5c: Crystal structure of the mutant E234A of Galacturonate Dehydratas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v5c

タイトル

Crystal structure of the mutant E234A of Galacturonate Dehydratase from GEOBACILLUS SP. complexed with Mg

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

キーワード

LYASE / enolase fold / Galacturonate Dehydratase / double MG site

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Groninger-Poe, F. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant E234A of Galacturonate Dehydratase from GEOBACILLUS SP. complexed with Mg
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Groninger-Poe, F. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v5c.cif.gz	343.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v5c.ent.gz	275.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v5c_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v5c_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	3v5c_validation.xml.gz	68.6 KB	表示
CIF形式データ	3v5c_validation.cif.gz	101.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v5fC 3p3bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5di3-d 3ops-3 6hfz-1 3w31-d 3bwv-d 4m60-d 3d7l-5 1kvk-d 2uvg-d 1btj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.271, 65.863, 151.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1076- HOH

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing protein 分子量: 43865.160 Da / 分子数: 4 / 変異: E234A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. (バクテリア) / 株: Y412MC10 / 遺伝子: GYMC10_3367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3EID5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Tris, 0.2M sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→40.466 Å / Num. all: 199609 / Num. obs: 199609 / % possible obs: 87.59 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P3B

3p3b

解像度: 1.53→40.466 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2161	10061	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1851	-	-	-
all	0.1866	199609	-	-
obs	0.1866	199609	87.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.936 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1305 Å²	-0 Å²	-0.499 Å²
2-	-	-0.0017 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1321 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→40.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11998	0	49	1498	13545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	12516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	16971
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.928	4553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.5474	0.2846	101	0.2527	1747	X-RAY DIFFRACTION	25
1.5474-1.5656	0.296	127	0.2515	2546	X-RAY DIFFRACTION	35
1.5656-1.5847	0.288	197	0.2427	3327	X-RAY DIFFRACTION	47
1.5847-1.6047	0.2975	202	0.247	4110	X-RAY DIFFRACTION	57
1.6047-1.6259	0.269	244	0.242	4782	X-RAY DIFFRACTION	67
1.6259-1.6481	0.2677	307	0.2392	5577	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6481-1.6717	0.2871	326	0.2314	6339	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6717-1.6966	0.2568	367	0.2191	6712	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6966-1.7231	0.295	379	0.2198	6893	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7231-1.7514	0.2475	366	0.217	7044	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7514-1.7816	0.2431	389	0.2155	7032	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7816-1.814	0.2634	362	0.2051	7027	X-RAY DIFFRACTION	98
1.814-1.8489	0.2606	412	0.2083	6974	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8489-1.8866	0.2448	357	0.2026	7028	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8866-1.9276	0.25	367	0.1983	7070	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9276-1.9725	0.2324	388	0.194	6887	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9725-2.0218	0.2128	376	0.189	7018	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0218-2.0765	0.2091	357	0.1927	6920	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0765-2.1376	0.229	381	0.1856	6963	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1376-2.2066	0.2127	353	0.1854	6942	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2066-2.2854	0.2159	378	0.1813	6904	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2854-2.3769	0.2254	340	0.1777	6917	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3769-2.4851	0.2249	351	0.1772	6944	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4851-2.6161	0.2016	371	0.1826	6991	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6161-2.7799	0.2208	379	0.1868	6980	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7799-2.9945	0.2134	363	0.1879	7079	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9945-3.2957	0.2164	369	0.1853	7037	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2957-3.7723	0.1882	368	0.1663	7063	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7723-4.7516	0.1751	414	0.1495	7252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7516-40.48	0.1983	370	0.1843	7443	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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