PDB-3v39: Bd3459, A Predatory Peptidoglycan Endopeptidase from Bdellovibrio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v39

タイトル

Bd3459, A Predatory Peptidoglycan Endopeptidase from Bdellovibrio bacteriovorus

要素

D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase

キーワード

HYDROLASE / Peptidoglycan transpeptidase fold / endopeptidase / serine modified by Hepes buffer molecule

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan metabolic process / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Lovering, A.L. / Lerner, T.R. / Sockett, R.E.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Specialized peptidoglycan hydrolases sculpt the intra-bacterial niche of predatory Bdellovibrio and increase population fitness.
著者: Lerner, T.R. / Lovering, A.L. / Bui, N.K. / Uchida, K. / Aizawa, S. / Vollmer, W. / Sockett, R.E.

履歴

登録	2011年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v39.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v39.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ceb-1 1l8b-d 3brk-d 3pqc-d 4s1o-d 6lhd-1 2okc-2 5g02-d 4d82-2 6t2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase

ヘテロ分子

47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.240, 125.240, 81.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 分子量: 46513.922 Da / 分子数: 1 / 断片: Bd3459 residues 37-446 / 変異: M37A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) 株: HD-100 / 遺伝子: Bd3459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q6MHT0, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン分子量: 125.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Mes, 0.2M Ammonium Sulphate, 30% w/v PEG 5000MME 16% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射	モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→108.46 Å / Num. all: 561731 / Num. obs: 554908 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45→36.154 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1818	6428	5.02 %
R_work	0.1661	-	-
obs	0.1669	127948	-
all	-	127960	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.399 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7011 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.7011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.4023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.154 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3119	0	31	441	3591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	3304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.918	4483
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.964	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.149	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	563

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.3653	181	0.356	3443	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4665-1.4838	0.3473	196	0.3452	3664	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4838-1.5019	0.3605	234	0.3227	3725	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5019-1.5209	0.3036	215	0.3079	3953	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5209-1.5409	0.3023	213	0.2874	4051	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5409-1.562	0.2595	200	0.2626	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.5843	0.2537	206	0.2451	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5843-1.608	0.2414	228	0.2209	4080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.608-1.6331	0.211	202	0.1955	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6331-1.6599	0.2166	240	0.1852	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6599-1.6885	0.196	206	0.1759	4077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6885-1.7192	0.1954	199	0.1651	4113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7192-1.7523	0.1892	216	0.154	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7523-1.788	0.1631	218	0.1496	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.8269	0.1726	229	0.151	4077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8694	0.1762	219	0.1422	4130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8694-1.9162	0.1657	205	0.1456	4080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9162-1.968	0.1611	211	0.1483	4099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-2.0259	0.2009	233	0.153	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0259-2.0912	0.1914	216	0.1553	4122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.166	0.1487	211	0.1489	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.2527	0.1833	221	0.1516	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.3552	0.1601	202	0.1477	4124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3552-2.4793	0.171	220	0.1433	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4793-2.6346	0.163	220	0.1521	4131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6346-2.838	0.1619	196	0.1563	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-3.1234	0.1731	221	0.1629	4159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1234-3.5751	0.1606	219	0.1588	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5751-4.5028	0.1417	225	0.136	4168	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5028-36.1648	0.1964	226	0.1762	4125	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4615	-0.0724	0.3406	0.1486	-0.2272	0.4828	0.0739	-0.0655	-0.1217	0.0121	0.006	0.0311	0.1246	0.0135	-0.069	0.1402	0.0263	0.0003	0.1436	0.0124	0.1261	24.0215	59.3035	37.0202
2	0.5088	-0.3251	0.1869	0.3931	-0.0958	0.5362	0.0317	0.0026	0.0016	-0.06	-0.0004	0.0458	-0.0621	0.0088	-0.0264	0.0901	0.0076	-0.0056	0.0561	0.002	0.0884	7.9254	83.5382	20.9309
3	0.5051	-0.1123	0.2455	0.1623	-0.3673	0.8278	0.0441	-0.0618	-0.1282	-0.0458	0.1137	0.1011	-0.0125	-0.1191	-0.1378	0.1257	0.0125	-0.0041	0.1075	0.0115	0.1609	-4.0043	85.5432	22.4583
4	0.8589	-0.0316	0.1958	0.3601	0.1782	0.7084	0.0005	-0.0056	0.0518	-0.0679	0.0092	0.0276	-0.1208	0.015	0.0009	0.1201	0.0145	-0.0023	0.0566	-0.0008	0.0992	6.0576	90.9052	20.161
5	0.2719	-0.3043	0.1422	0.5065	0.0533	0.9456	0.0198	-0.0356	-0.0483	-0.0135	0.0097	0.0637	0.1064	-0.0285	-0.0345	0.0765	0.016	-0.0141	0.0872	0.0024	0.0972	16.8852	67.9477	28.9429
6	0.3797	0.0279	0.622	0.1133	0.0619	1.0156	0.0047	-0.2819	-0.0481	0.0447	0.0168	0.0613	0.1811	-0.2321	-0.0334	0.1257	-0.0034	0.0024	0.2037	0.0216	0.1375	14.2643	62.6428	44.4039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 55:158)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 159:193)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 194:258)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 259:371)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 372:402)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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