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- PDB-4s1o: Structure of Mycobacterium tuberculosis NadD in complex with NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s1o
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis NadD in complex with NADP
要素Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : / Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Korotkov, K.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis protein
著者: Korotkov, K.V.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2626
ポリマ－44,7052
非ポリマー1,5584
水4,324240
1
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1313
ポリマ－22,3521
非ポリマー7792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1313
ポリマ－22,3521
非ポリマー7792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,52512
ポリマ－89,4094
非ポリマー3,1158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area11030 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area29020 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
5
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2626
ポリマ－44,7052
非ポリマー1,5584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area4040 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
6
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2626
ポリマ－44,7052
非ポリマー1,5584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area4160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.060, 66.060, 165.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase


分子量: 22352.281 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-200 / 変異: C196R, C200T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: LH57_13225, nadD, P425_02519, Rv2421c, RVBD_2421c
プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: I6X474, UniProt: P9WJJ5*PLUS, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE IS MIS-ANNOTATED IN THE DATABASES. THE CORRECT START SEQUENCE ...THE AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE IS MIS-ANNOTATED IN THE DATABASES. THE CORRECT START SEQUENCE IS MHGRRLGVM WHICH WAS CONFIRMED EXPERIMENTALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M magnesium nitrate, 20% PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.03 Å / Num. all: 37156 / Num. obs: 37134 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.415 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 13.57
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.84-1.891.0162.291991627091100
1.89-1.940.6573.68191082653199.9
1.94-20.544.041858825311100
2-2.060.3695.641846825081100
2.06-2.120.2936.87175012401199.9
2.12-2.20.2527.671732723461100
2.2-2.280.2538.32159502264199.9
2.28-2.380.16210.991594421601100
2.38-2.480.12713.221565021271100
2.48-2.60.10815.391464519941100
2.6-2.740.09517.721403619261100
2.74-2.910.08219.98132381816199.9
2.91-3.110.07222.491241217151100
3.11-3.360.06324.8114891606199.9
3.36-3.680.06225.671032514781100
3.68-4.110.05727.06950013541100
4.11-4.750.05230.01834512011100
4.75-5.820.05329.52702010351100
5.82-8.230.05228.85469827199.9
8.23-47.030.04828.882850483198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.68 Å47.07 Å
Translation1.68 Å47.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+27 / 解像度: 1.84→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.204 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 1835 4.9 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
all0.1961 37156 --
obs0.1961 35301 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.49 Å2 / Biso mean: 30.679 Å2 / Biso min: 16.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20.25 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2709 0 98 240 3047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192877
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6111.9993933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95636040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9045339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.32222.24125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85515424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0641526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1112.7851377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1072.7821376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2614.1431709
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 154 -
Rwork0.286 2546 -
all-2700 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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