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- PDB-3b18: Rv0098 of Mycobacterium tuberculosis with ordered loop between be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b18
タイトルRv0098 of Mycobacterium tuberculosis with ordered loop between beta-4 and beta-5
要素Uncharacterized protein Rv0098/MT0107
キーワードHYDROLASE / hot dog fold / long-chain fatty acyl-CoA thioesterase / acyl carrier protein / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-3-[(carboxylmethyl)amino]fatty acid synthase / palmitoyl-CoA hydrolase / fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / lyase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rv0098, thioesterase-like hot dog domain / Long-chain fatty acyl-CoA thioesterase FcoT-like / Long-chain fatty acyl-CoA thioesterase, Rv0098-like superfamily / FcoT-like thioesterase domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Long-chain fatty acyl-CoA thioesterase FcoT / (2E)-enoyl-[ACP] glycyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Maity, K. / Suguna, K.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2012
タイトル: Insights into the substrate specificity of a thioesterase Rv0098 of mycobacterium tuberculosis through X-ray crystallographic and molecular dynamics studies.
著者: Maity, K. / Bajaj, P. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
履歴
登録2011年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv0098/MT0107
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7502
ポリマ－20,5491
非ポリマー2001
水50428
1
A: Uncharacterized protein Rv0098/MT0107
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,49912
ポリマ－123,2976
非ポリマー1,2026
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
crystal symmetry operation14_555-x,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation20_455-z-1/2,x,-y1
crystal symmetry operation21_454y-1/2,z+1/2,x-1/21
2
A: Uncharacterized protein Rv0098/MT0107
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein Rv0098/MT0107
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5004
ポリマ－41,0992
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-x,-y+1/2,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.190, 100.190, 100.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv0098/MT0107 / Long-chain fatty acyl-CoA thioesterase Rv0098


分子量: 20549.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0098 / プラスミド: PET-28a(+)(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P64685, UniProt: P9WM67*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5%-12% PEG 6000, 0.1M HEPES buffer, 5% MPD , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月15日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Osmic Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50.1 Å / Num. obs: 4502 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 75.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 648 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PFC

2pfc


解像度: 2.75→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 12.006 / SU ML: 0.239 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27679 205 4.6 %RANDOM
Rwork0.22421 ---
obs0.22694 4276 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.096 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 14 28 1358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7121.9711851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9765167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.8722.58162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.39715224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9011513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.5835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36621339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6653532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8864.5511
LS精密化 シェル解像度: 2.752→2.823 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.56 13 -
Rwork0.2 311 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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