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万見
- PDB-3v10: Crystal structure of the collagen binding domain of Erysipelothri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v10
タイトルCrystal structure of the collagen binding domain of Erysipelothrix rhusiopathiae surface protein RspB
要素Rhusiopathiae surface protein B
キーワードCELL ADHESION / Rhusiopathiae surface protein B / Collagen Hug model / DEv-IgG fold / Collagen binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen binding / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagen binding domain / Collagen binding domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Immunoglobulin-like - #740 / Fibrogen-binding domain 1 / Prealbumin-like fold domain ...Collagen binding domain / Collagen binding domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Immunoglobulin-like - #740 / Fibrogen-binding domain 1 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhusiopathiae surface protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Erysipelothrix rhusiopathiae (ブタ丹毒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ponnuraj, K. / Swarmistha devi, A. / Ogawa, Y. / Shimoji, Y. / Subramainan, B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Collagen adhesin-nanoparticle interaction impairs adhesin's ligand binding mechanism
著者: Devi, A.S. / Ogawa, Y. / Shimoji, Y. / Balakumar, S. / Ponnuraj, K.
履歴
登録2011年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhusiopathiae surface protein B
B: Rhusiopathiae surface protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4022
ポリマ－71,4022
非ポリマー00
水7,945441
1
A: Rhusiopathiae surface protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7011
ポリマ－35,7011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rhusiopathiae surface protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7011
ポリマ－35,7011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.170, 67.390, 102.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Rhusiopathiae surface protein B


分子量: 35700.875 Da / 分子数: 2 / 断片: Collagen binding domain, UNP residues 31-350 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erysipelothrix rhusiopathiae (ブタ丹毒菌)
遺伝子: rspB / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q83VG5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 % / 解説: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% PEG 2000 monomethyl ether, 100mM sodium cacodylate, 20mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.75→38 Å / Num. obs: 112956 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Auto-Rickshawsoftware pipeline位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1047 0.8 %Random
Rwork0.225 ---
all-124328 --
obs-112895 90.8 %-
溶媒の処理Bsol: 37.143 Å2
原子変位パラメータBiso max: 39.3 Å2 / Biso mean: 17.5126 Å2 / Biso min: 1.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.787 Å20 Å20.761 Å2
2--0.907 Å20 Å2
3----2.694 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4789 0 0 441 5230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1812
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8412.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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