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- PDB-1tte: The Structure of a Class II ubiquitin-conjugating enzyme, Ubc1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tte
タイトルThe Structure of a Class II ubiquitin-conjugating enzyme, Ubc1.
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa
キーワードLIGASE / Ubc1 / E2 / ubiquitin-dependent degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / vesicle organization / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / proteasome binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ERAD pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / vesicle organization / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / proteasome binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ERAD pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-conjugating enzyme, C-terminal fungi / Fungal ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme ...Ubiquitin-conjugating enzyme, C-terminal fungi / Fungal ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Merkley, N. / Shaw, G.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the flexible class II ubiquitin-conjugating enzyme Ubc1 provides insights for polyubiquitin chain assembly.
著者: Merkley, N. / Shaw, G.S.
履歴
登録2004年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1921
ポリマ－24,1921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin-protein ligase / Ubiquitin carrier protein


分子量: 24192.223 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubc1 / 変異: K93R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBC1, YDR177W, YD9395.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P21734, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.48mM U-15N,13C Ubc1; 25 mM Tris; 1 mM EDTA, 1mM DITHIOTHREITOL, 150 mM NaCl90 % H2O, 10% H2O
20.48 mM U-15N Ubc1; 25 mM Tris; 1 mM, 1 mM EDTA, 1mM DTT, 150 mM NaCl90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 圧: Ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian UNITYVarianUNITY5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren精密化
NMRPipe2.1F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
Pipp/Stapp4.3.3Garrett, D.S., Powers, R., Gronenborn, A.M. & Clore, G.Mデータ解析
VNMR6.1CVarian Inccollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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